據Ture Trophies報道，《合金裝備3：重製版》一共46個獎盃（1個白金獎盃、4個金獎盃、5個銀獎盃和36個銅獎盃），其中有14個為隱藏獎盃。值得一提的是，此次重製版的獎盃數量與原版完全一致，但個別獎盃在內容上略有不同，一些原版中要求全收集的獎盃換成了更具趣味性的獎盃。
以下為《合金裝備3：重製版》的完整獎盃列表，其中部分獎盃涉及劇情，如果您更想在遊戲中親自體驗這些內容，請謹慎閱讀。另外，以下翻譯均為筆者暫譯，僅供參考，請以遊戲發售時的官方翻譯為準：
白金獎盃：
【無盡的戰鬥】：收集所有獎盃。
銅獎盃：
【年輕的槍手（隱藏）】：眩暈山貓（Ocelot）。
【疼痛緩解（隱藏）】：戰勝The Pain。
【如果它流血了，我們就能殺了它（隱藏）】：戰勝The Fear。
【終焉（隱藏）】：戰勝The End。
【休斯頓，我們遇到了問題（隱藏）】：戰勝The Fury。
【苦痛之河（隱藏）】：戰勝The Sorrow。
【步行者剋星（隱藏）】：戰勝Shagohod。
【接地（隱藏）】：戰勝沃爾金。
【愛國者（隱藏）】：戰勝The Boss。
【媽媽說】：使用CQC格鬥術擊倒一名警衛。
【告訴我炸彈在哪】：使用CQC格鬥術拷問一名敵人。
【好像他根本不在乎】：制服一名敵人。
【別摸那邊】：用刀取出子彈。
【山貓總能抓住（隱藏）】：Snake和總統握手時，在背景中找到山貓（Ocelot）。
【白馬王子】：第一次射擊一隻“青蛙君”（Kerotan）
【醜小鴨】：首次攻擊GA-KO。
【拉爾夫呼叫】：讓斯內克嘔吐。
【我能養它嗎？】：活捉任意動物。
【食蛇者】：吃一條任意種類的蛇。
【吃貨】：將任何食物記錄到收藏中。
【真愛難尋】：實現100%的偽裝指數。
【我能看見你】：實現+90%偽裝指數。
【時間悖論（隱藏）】：造成山貓（Ocelot ）時間悖論。
【嚐嚐毒藥的味道！】：向敵人投擲一隻有毒生物。
【電影愛好者】：保存後聽Para-Medic談論電影。
【友軍火力】：呼叫火力支援。
【此刻寧靜】：呼叫一個治癒廣播頻段。
【養蜂人】：使用蜜蜂騷擾敵人。
【只是因為】：用TNT炸燬一個軍械庫或補給倉庫。
【詐死】：使用假死藥片。
【你打盹，你輸了（隱藏）】：潛行到The End身後偷襲他，讓他丟下一件物品。
【早早結束（隱藏）】：在和The End戰鬥前就幹掉他。
【泥漿科學家】：穿著科學家制服弄髒自己。
【戰爭已經改變】：以新風格開始遊戲。
【老蛇新招】：以傳統風格開始遊戲。
【狗仔蛇】：首次使用照片模式。
銀獎盃：
【上蠟，去蠟（隱藏）】：招架住Boss的所有CQC攻擊。
【信不信由你】：捉到野槌蛇。
【綠色難搞】：攻擊所有64個青蛙君。
【獵鴨季】：攻擊所有64個GA-KO。
【像Boss一樣】：完成任意難度的遊戲。
金獎盃：
【和平行者】：不殺一人完成遊戲。
【美食家】：食物收集率100%。
【蛇有很多皮】：獲得全部偽裝和麵部塗裝。
【獵狐部隊】：獲得FOXHOUND頭銜。
