支線任務通常包含多階段流程，涉及多個區域的探索和特定道具的獲取，部分支線還會影響遊戲結局。重要支線包括菈妮的群星結局線、菲雅的死眠少女線、米莉森的金針任務等。菈妮支線是遊戲中最長的支線之一，完成後可獲得暗月大劍並解鎖群星結局。菲雅支線則與死王子修復盧恩相關，最終會影響潛藏者時代結局。米莉森任務中獲得的金針能壓制癲火，是達成特定結局的關鍵道具。這些支線往往需要在特定進度前觸發，否則可能永久錯過。
支線推進需要注意幾個關鍵節點：擊敗碎星拉塔恩會影響半狼布萊澤和戰士壺亞歷山大的劇情；燒燬黃金樹會中斷金面具、食糞者等支線；擊敗火山官邸的拉卡德會導致所有火山相關任務終止。建議玩家按區域推進支線，在重大劇情節點前先完成當前區域的所有支線內容。部分支線如盲眼少女海妲需要先完成摩恩城主支線獲取葡萄道具。
探索過程中，與每個NPC對話都要耗盡所有選項直到對話重複，某些情況下需要坐賜福刷新或傳送往返來觸發後續劇情。戰士壺亞歷山大支線需要玩家在不同區域多次幫助他脫困；白金之子勒緹娜任務則要求收集聖樹祕密符節並推進到化聖雪原。羅德莉卡和修古的支線涉及骨灰強化系統，完成可獲得重要獎勵。
DLC黃金樹幽影新增了雷妲、安帕赫等角色的複雜支線，這些任務同樣遵循選擇分支機制，玩家需要謹慎決定幫助對象以獲得不同獎勵。完成特定支線還能在最終戰召喚NPC助戰，大幅降低戰鬥難度。建議玩家在燒燬封印樹前備份存檔，因為這是許多支線的不可逆節點。
