遊戲從頭到尾的戰鬥，乃至boss戰中，各類敵人的韌性都是很差的。而且極大部分敵人都沒有浮空保護，看似輕描淡寫的兩句話，其實分量是相當足的。這也就意味著，在絕大多數情況下我們只要出招命中敵人，敵人就會被迫終止自己當前的動作，被我們的攻擊打個踉蹌。當敵人被擊飛後，只要你願意繼續使用將敵人擊飛的招式，那敵人就會接著飛。在整個連的過程中，沒有任何體力限制和閃避充能限制，整個戰鬥就明擺著告訴你盡情的連擊敵人。
角色不僅性能強、攻擊範圍覆蓋廣，反著出一些招也可以命中另一側的敵人。搭配上隨著收集物不斷解鎖的各種派生動作，就有n種讓敵人一直處於浮空的辦法。遊戲中給了兩道題，一個是時不時會出現的帶有黃色護甲的敵人。只要護甲在就霸體常駐，任憑你操作，該打你還是打你。二是一些敵人會出紫色招數，這種招數閃避是沒有辦法規避的，只能躲。
伴隨這兩道題的加入，一些盾牌類敵人、飛行類敵人、恢復類敵人的加入，整個戰鬥過程的策略性就大幅提升了。雖說製作組沒有給出像忍龍外傳那樣清晰明確的解題步驟和思路，但是提供了多種忍術。四類大招忍法以及打滿敵人底部架勢條就可以無條件觸發一擊必殺的忍殺，手裡劍、墜亡等手段讓玩家給予反制。整體來看，超級忍的戰鬥就是爽和更爽，包括boss戰在內，沒有任何一個敵人設置了反應門檻。
通關遊戲之後才會意識到，好像很久沒有體會到原來自己才是遊戲的主角。超級忍並不是一路砍到底，通關了關閉了遊戲就永別了的作品。除了2d平臺動作以外還有點別的味，雖說是關卡制的，但還是在初期章節埋下了一些能力鎖。等到了遊戲中後期能力全部解鎖完以後以供復推，在部分關卡中它會更明顯的讓你去三處地點打開三處鎖。只不過把視野拉高一些，能力鎖就是需要你跨越章節去開鎖罷了。
和這部分相得益彰的，則是那些埋藏在關卡各個位置的獎勵。在我們拿到能力之後的復退流程中，會和敵方的精英部隊在各類特定地形下展開戰鬥。一旦擊潰了一個關卡全部三個精英部隊，則會獲得各類加成以供獎勵。
