《數碼寶貝物語時空異客》是一款角色扮演遊戲，您可以在追查世界毀滅謎團的過程中，一面享受橫跨人類世界與異世界的冒險，以及蒐集培育種類豐富的數碼寶貝。想了解本作具體流程的玩家請看下方為大家帶來的《數碼寶貝物語時空異客》全劇情流程圖文攻略，希望能夠幫助到大家。
選擇角色，決定角色的性別與姓名
男主建模
女主建模
在神祕紫發少女說完開場過後，經過一段cg我們來到主角視角。
我們收到來自通訊員的消息，由於最近行動的招搖讓超常現象特殊搜查局被大眾所知，同時這座都市被檢測出原因不明的的小型爆炸等超自然現象，被高層看好的主角二人組被指派調查超自然現象。
根據地圖走向任務指派地點
穿過光標後來到下一區域，緊接著繼續向前。
到達中心位置回受到通訊教導我們利用Digivice
教學如下
緊接著往左前往下一個場景
接著穿過隧道直走
穿過隧道後接著往前走去下一個區域。
進入cg，我們看見群眾在遊行。自從8年前發生未知爆炸，政府便通過“希望之壁”將西新宿隔離起來，但並未公佈原因，引得群眾不滿，群眾希望通過遊行示威來獲取真相。
cg結束，要求我們在周圍進行調查。我們來到人群中間與人交流。
交流後一直往前走（人群中有一條道路）
走到盡頭後觸發cg
我們遭遇了小型的地震，這時通訊員發來消息，告知調查局通過8年前的視頻殘留的信息確定了更精準的座標。讓我們前往牆壁內部。
接著向前通過升降口進入下一區域
進入後，我們又受到來自通訊員的消息，報告顯示周圍有人在求救，為了保險起見讓我們保護求救者。
緊接著我們遭遇了第一場戰鬥，通訊員讓我們從三隻基礎數碼寶貝中選擇一隻作為夥伴。
然後我們一路戰鬥向前
來到光標位置，我們將解鎖“數碼攻擊”我們可以通過數碼攻擊直接掃清道路上的怪物。
接著往前，一直走到盡頭來到下一區域。
走到光標處，觸發cg
通訊員告知我們可以通過“數碼攻擊”來破壞障礙物
再往前走一會，觸發cg，一隻巨大數碼寶貝出現，向我們追來，我們先通過移動逃離它的追擊。
奔跑後一會，我們觸發第二段cg，一位神祕少女將我們搭救。
我們遇到了神祕少女，提出幾個問題不過少女一直再答非所問，少女要求我們前往都政府大樓的樓頂，通訊員推測她應該就是我們的保護對象，讓我們保護她的安全並留意此前的巨大數碼寶貝防止其造成巨大災害。
與少女對話後，我們通過“數碼攻擊”來打破門。
破壞門後，這時有兩條路，左面是主線，右邊有額外技能作為收集物。
我們往左邊走，通過門後來到管道，往前方左側的逃生通道走，進入下一區域。
走到盡頭觸發cg
我們遭遇了此前的巨大數碼寶貝，這時另一隻神祕數碼寶貝從天而降，來幫助我們。進入戰鬥。
戰鬥結束後，神祕數碼寶貝離去，這時通訊員發來消息，要求我們對巨大數碼寶貝斬草除根，保護民眾安全。
緊接著，我們一路螺旋往上走，來到下一區域。
接著向前走前往大樓內部
然後徑直走向中間圓盤，接著往右走
來到右邊可以看到道路右邊的電梯口，乘坐電梯
來到36樓，向左邊看，通過門進入房間一直往前走
走到盡頭可以看到一個破損的牆壁，使用“數碼攻擊打破”
打破後往左邊走進入通道觸發cg
我們遭到了未知數碼寶貝的襲擊，導致通道被摧毀，我們和神祕少女被迫分開，現在我們需要尋找方法到對面。
回頭我們走左邊，可以看到遠處有一隻數碼寶貝。
緊接著來到左側我們可以看到一個破損牆壁，打破進入
進入房間後一路向前出去，我們就能遇到剛才看見的數碼寶貝，使用“數碼攻擊”打破殘骸。
我們與比丘獸對話，它能幫助我們飛到大樓對面
回到被破壞的通道位置，比丘獸準備帶我們飛過去。但飛到一半，比丘獸氣力不足，被迫降落，我們來到管道中。
然後我們向前，在左轉來到房間內
然後進入下一層
一路向前來到盡頭，往右邊看。
接著往前走，破壞掉障礙物
往前通過樓梯上去，進入下一區域
接著出門往左走，進門
往前我們能看到剛才破壞通道數碼寶貝的身體
接著往右走
觸發cg，通訊員發來消息，當前的狀況已經超出預期，會派出額外的支援隊伍來幫助我們。
過完cg後往右邊走
然後一路向前，沿著樓梯進入下一區域。
接著往前觸發cg，我們看到一群數碼寶貝在亂戰，一直古加獸來襲擊我們
擊敗古加獸後，一直神祕的黑影出來襲擊我們，主角被打翻在地，黑影朝神祕少女衝去，正欲下手，之前襲擊我們的數碼寶貝爬上樓頂，也準備攻擊少女，在這危急時刻，天空中突然出現一個傳說門，一拳打在了數碼寶貝臉上，本章結束。
身為主角的我們醒來，遇到三隻數碼寶貝，密涅瓦獸懷疑我們是偷蛋賊，正欲攻擊，之前襲擊我們的黑影突然出現。密涅瓦獸以為黑影是我們的同夥轉而向黑影發動攻擊，不料竟反被打到在地，同時黑影也消失不見。另外兩隻數碼寶貝乞求我們的幫助，希望能幫助它們保護“蛋”
我們先沿著樓梯往下，進入下一個區域。
接著沿著樓梯往下走可以遇見黑影
觸發cg，在數碼寶貝的懇求下，我們義無反顧的衝了上去，阻止黑影搶走蛋。但是在撞翻黑影的同時，黑影的手卻將蛋打翻，蛋掉在了地上，地板開始破碎，還來不及驚訝，我們和黑影一同向下方墜去。
作為傳奇耐摔王的我們，掉落正在一片公園之中。此時通訊無法使用，我們先調查公園，先來到公園的車子旁邊對話。
觸發cg，一個男人為找女兒想要進入公園內部，卻被一群人禁止進入，通過對話我們得知他們已經封鎖區域，準備開始攻堅。一番努力後男人吐槽搜查隊組織還是老樣子，不再尋求搜查隊的幫助。
男人貌似知道搜查隊的內幕，我們跟上男人，進入下一片區域。
與男人對話，我們得知男人的女兒在地底，同時女兒好像受到了襲擊。
我們通過“數碼攻擊”打開上鎖的門，進入其中。
男人乞求我們可以幫助他尋找女兒，為了保護市民的安全，我們同意男人一同前往。
接著我們進入其中，往前走可以遇到男人的朋友，弘子。
對話後我們往前走，先來到下圖畫圈的位置
然後使用數碼攻擊打破門
接著往前走我們可以遇到之前的神祕少女，原來這個少女就是男人的女兒，然後我們遭遇爛泥怪的攻擊。
戰鬥結束，搜查隊的人也即將趕到，男人為了不暴露工作內容，想避免和其遭遇，於是帶著眾人離開了下水道區域。
之後再跟隨父女離開時，我們突然注意到原本應該破敗的都政府大樓竟然完好如初，詢問少女，少女說大樓重來沒有壞過，男人也因為有想要問的問題，於是邀請我們來家裡做客，本章結束。
一覺醒來，少女來到我們面前，並介紹了自己的名字御園伊紀，再少女離開後，我們終於收到了通訊員的來電。通訊員告知我們通過了時空跳躍來到了過去。
對話結束，我們開門下樓尋找御園伊紀。
和御園伊紀對話後，開門下樓，尋找御園伊紀的父親.
我們和男人交流後，得知男人名叫御園公介，御園公介允許我們將他家當作據點。
男人走後，我們收到了通訊員的消息，告知我們穿越的8年前的新宿。為了提高信息的精準度，我們需要確認座標。
開門下樓來到街上，一直往前面走進入地圖界面。
然後選擇東新宿，新宿車站十字路口。
來到十字路口後，一隻往前走進入地下街
然後我們就可以看見第一個座標
交互後，我們離開地下街，回到十字路口 ，做出口旁邊的出租車。
選擇東新宿，西部新宿，大高架橋東邊
回頭能看見第二個座標
接著一直往前走來到下一個區域
新區域往前走不遠可以看見出租車。
然後選擇西新宿，新宿中央公園
這時通訊員發來消息，建議我們隱藏穿越消息，並告知主角的養父也是在一場穿越試驗中失蹤的。再確定好方位後通訊員建議我們收集更多關於超自然現象的情報，並建議我們前往歌舞廳尋找情報。
我們回頭觸發傳送點
選擇東新宿，歌舞伎町
一直往前進入下一區域
沿著巷道往前走，找到神祕的光柱。
進入劇場後跟左邊櫃檯的女子對話
對話結束我們離開劇場，這時通訊員會聯繫我們，告知我們8年後時間點已經爆發了人類和數碼寶貝的大戰，起因貌似是當時在樓頂的大戰，被人們稱為“新宿烈獄”。現在通訊員寄希望於主角，希望能夠通過8年前的行為來改變目前的局面。
對話結束後，我們要回到據點休息，先回頭然後往右走。
回到開始出發的東商業街，然後往左回據點。
上樓到沙發上休息，本章結束
我們醒來，下樓，發現弘子正在和伊紀爭吵。弘子想要去調查超自然現象來獲得流量，卻遭到了伊紀的反對，看主角下樓，也希望主角能夠參與她的直播，卻遭到拒絕，這時通訊員聯繫我們，認為弘子可能是8年前的視頻拍攝者，讓主角把我機會獲得更關鍵的情報。
cg過後，我們先與伊紀交流，得知弘子前往新宿小巷，並願意一同前往。
對話完後出門
出門路口右轉，進入下一區域
沿著路口一直直走，不遠處我們就能遇到弘子
對話後，然後三人來到地下。這時碰巧遇到之前逃跑的數碼寶貝，伊紀表示對這隻神祕的數碼寶貝的傷勢很關心，眾人決定一同前往看看這隻數碼寶貝。
前面路口右轉
跟著這個數碼寶貝繼續向前
在道路盡頭我們會觸發幾句對話，不過神祕數碼寶貝依舊逃跑了
回到出發點往前直走
道路盡頭左轉，打破障礙物繼續向前
通過障礙後向右走
走到鏡頭，視角往右看，打破障礙物繼續往前
再直走，數碼寶貝會往左邊跑，我們跟上去
一路追過去，到前面位置，數碼寶貝會放電降下大門。
然後我們回頭看發電箱，使用雷屬性的數碼攻擊發電箱就可以打開大門
然後我們回頭繼續追（進門後大門會關閉，不用管）
追到可以看見下圖樓梯位置
上樓梯打開水閥開關
然後回頭繼續再追，追到大門處，小傢伙又放電將門打開。
繼續追到下一新區域
進入新區域後先來到黃圈中間
然後我們視角往左邊看，就能看到那隻數碼寶貝
對話後，它又跑了。然後從伊紀口中得知她父親再研究相位電子生命體，而這個名詞是8年後主角才聽說的，通訊員認為伊紀父女很可能藏了祕密。然後我們回頭繼續追那隻數碼寶貝。
沿邊走盡頭，走到光柱這裡。
然後我們向左邊看，又能看見那個小傢伙
對話後，它右跑路了，不過這次就在眼前一路向前就可以遇到，互動後伊紀正欲觀察數碼寶貝傷勢，而弘子突然尖叫，原來是一隻獨眼龍獸襲擊，那隻追了一路的數碼寶貝也參與戰鬥幫助我們，戰鬥開始。
當我們將獨眼龍獸血量達到半血，觸發cg，那隻跑跑獸被痛扁在地。然後伊紀開始了唯心打法，跑跑獸進化成埃癸奧獸。
在埃癸奧獸的幫助下，我們成功擊敗了獨眼暴龍獸。但在戰鬥後，埃癸奧獸卻昏迷倒地，眾人將其帶回來家，公介也正好看到眾人，詢問發生了什麼事情，看到昏迷的埃癸奧獸，彷彿證實了自己的猜想，他讓大家先休息了。本章結束
醒來，御園公介想要找我們聊聊，我們下樓來到客廳，遇到埃癸奧獸正在和御園公介交流，此時埃癸奧獸已經換上了人類的裝束，看到我們後御園公介邀請我們出去見一個怪人。
對話選擇立刻出發，我們就能直接來到公園。跑過去與前面男人對話。
原來要見的人是公安幕海廣大，雙方決定通過主角和埃癸奧獸來獲得更多關於數碼寶貝的信息，我們也見到了研究數碼寶貝的希蒙絲博士。希蒙絲博士通過希望進行各種測試來獲得更多的數據。
進入戰鬥，我們需要操控埃癸奧獸來進行戰鬥，一直攻擊士兵就能觸發對話
實驗結束，由於實驗裝備經費有限幕海廣大叫停的實驗，結束後，一個小孩突然叫埃癸奧獸參與捉鬼遊戲，為了照看埃癸奧獸，主角在一旁看護。
我們從前方右側的樓梯上去，前往下一個區域。
觸發cg，埃癸奧獸已經抓到了男孩，並與其約定明天再來，緊接著就與主角回到了家。調查員此時傳來訊息，認為埃癸奧獸發生的情況很可能與新宿災難有關係，希望我們能夠密切關注埃癸奧獸的情況。
第二天埃癸奧獸邀請御園伊紀一同前往公園。為了關注二人的行動，主角也一同前往。
我們下樓出門，一直往前直走，進入傳送界面。
選擇西新宿，中央公園
進入新區域後，向右上方移動。
和女人對話，瞭解到昨天的幾個小孩貌似失蹤了，主角一行人開始尋找失蹤小孩的蹤跡。
先來到這個區域交互，然後我們向右上樓梯前往下一個區域
進入新區域後，往左看，看到埃癸奧獸盯著一個箱子看，使用“數碼攻擊”打破箱子看到小孩的足跡。
然後回到路上，和路上的足跡進行交互。
接著來到門前與腳印交互，眾人懷疑小孩可能進入了門，擔心他們遭遇到數碼寶貝的襲擊，決定深入調查。
進入後，鑽過大門，一路跟著足跡走，來到下圖位置，發現沒有足跡了。
通訊員傳來消息，發現周圍的磁場十分紊亂，想讓我們先確認一下具體原因。接下來直走右轉走到底。
看到紅光與其交互。
埃癸奧獸感覺到幾個孩子就在其中，衝了進去，主角一行人也跟著衝了進去。
來到新區域直接往前走，能夠看到數碼寶貝和失蹤的小孩。
然後右轉打破障礙進入後面的傳送門。
來到下方向前然後參與戰鬥。
戰鬥結束後，入侵獸不甘心，想要直接搶奪小孩的能源，這時埃癸奧獸出手擋下了怪物，但是帽子卻被意外打落，小孩看到埃癸奧獸原本的模樣，惶恐下說埃癸奧獸也是怪物。
cg結束，我們回到家，我們先下樓和伊紀對話。
然後一起上樓去安慰埃癸奧獸，在伊紀強大的唯心力量影響下，埃癸奧獸重新找回信心，雙方並建立起羈絆。
我們又一次從家裡醒來，收到了通訊員的信息，我們昨晚偷聽到伊紀的聊天，得知其失去了弟弟，和我們主角一樣有過悲慘的回憶。但是為了愛與正義，通訊員提醒我們不要過於共情，如何拯救世界才是當下最重要的事情。
下樓，來到客廳與伊紀對話。
這時新聞報道歌舞廳發現了時空傳送門，調查員懷疑可能與超自然現象有關，讓我們前往調查。
下樓出門，一直往前走到地圖處，傳送東新宿，歌舞伎町 劇場廣場。
往前走先與前面男子對話，對話結束他會給我們讓出一條道路。
沿著道路往前走。
一直走到盡頭，中間還有幾次對話，只要對完話人就會讓開。
觸發cg，天空突然出現了一個傳說門，密瓦涅獸和一隻巨大數碼寶貝從中出現，雙方正在交戰。密瓦涅獸被打倒在地，正好看到我們，要求為了彌補過錯，我們參與戰鬥。
戰鬥結束，密瓦涅獸看著周圍引起的騷動，要求為我們帶它逃離現場，我們就1將其帶回了家。通訊員傳來消息，8年前如此規模的戰鬥竟然在8年後完全搜不到消息，懷疑這邊隱藏著什麼。
主角將密瓦涅獸帶回了家，並於伊紀等人交流，瞭解到了部分信息。我們瞭解到密瓦涅獸是來自另一個世界——數碼世界，此前的巨大數碼寶貝是數碼寶貝的邪惡種族——泰坦族。之前黑影的緣故，蛋遺失在這個世界，密瓦涅獸來到這個世界尋找丟失的蛋。為了正義與和平，身為主角的我們也參與到這一場尋蛋之旅。
伊紀也邀請密瓦涅獸一同在家裡住下，我們回到屋子裡休息，本章結束。
我們從床上醒來，並沒有看見埃癸奧獸，於是下樓尋找埃癸奧獸。
我們下樓看見眾人在一起交流。兩獸經過交流得知，埃癸奧獸並不知道數碼世界，於是密瓦涅獸就邀請埃癸奧獸在自己可以回數碼世界時區看一眼。但是要先找到蛋埃癸奧獸才能回到數碼世界，於是眾人決定找之前做實驗的西蒙絲博士尋求幫助。
對話完後，我們來到瀑布廣場，一路往前找到公安隊員。
與其交流得知西蒙絲博士跑到了秋葉原。
和眾人對完話，我們往前走，使用地圖前往新宿車站 東口前方
下去乘坐地鐵，前往秋葉原。
來打球葉原後，我們一路向前走，直接走到下一個區域。
到下一個區域後繼續徑直往前走
不一會，我們就能看到博士。
和博士交流後，我們得知博士在研究一個數碼寶貝雷達，如果實驗成功就能夠大致定位數碼寶貝的位置，不過目前一個機器有一個基站的人員失去了聯繫，希望我們能夠幫助，這樣雙方互利互惠。
直走前往地圖，選擇東新宿 電視牆廣場。
進入地圖後，往右邊走進入地下城
然後接著往下走
我們能在拐角處找到公安人員
對話後可以來到基站
對話得知裝置的啟動開關被數碼寶貝搶奪，然後我們觸碰紅光進入夾縫世界。
往前走可以看到三隻黑色的數碼寶貝，靠近它們會跑，在靠近的時候使用“數碼攻擊”就能攻擊到一隻中間的，然後進入戰鬥
打完第一隻後我們直接往右邊走，然後一路向前。
在這個物塊後面藏了一個
位置如下
接著繼續往前，看到綠色的收集物然後往左邊走到盡頭，我們能看到最後一隻。
打完三隻以後，回頭右轉可以看見三隻，對話觸發戰鬥。
戰鬥勝利後獲得箱子，我們回回到公安部門處，交還箱子。就會被傳送回廣場，與白衣男子對話可以見到博士
博士為我們的通訊設備安裝了數碼寶貝雷達。博士也注意到我們通訊設備的不凡，不過礙於保密，我們並沒有告知博士我們來自未來。回到家對話，眾人決定晚上出去，於是先上樓休息本章結束。
我們又一次醒來，聽到樓下傳來了聲音，我們下樓查看，看到弘子等人再議論神祕黑影在新宿車站，弘子想要鼓動大家去調查。
然後出門下樓到地圖前往電視塔廣場
進入車站
然後前往月臺
觸發cg，弘子正在打開攝錄路線，然而背後卻出現了神祕的黑影，弘子直接被嚇暈過去，主角等人懷疑它就是之前偷蛋的人，決定追下去。
打開柵欄，下地鐵直走，進入下一區域。
從左邊的門下去
然後往前走觸發cg，此時探測器其了反應，眾人決定繼續向前。
往右邊走，上樓梯就可以看到黑影
黑影突然消失，一行人被擋在大門口，用數碼攻擊打一下大門。觸發cg密涅瓦獸一刀把大門劈開。
接下來一直往前，我們可以看到破碎的蛋
觸發cg，一番交涉下來，原來埃癸奧獸是從蛋裡孵化出來的數碼寶貝，傳說拯救整個數碼寶貝世界的守護者。突然一隻泰坦獸打破大門，來到眾人面前，想要消滅守護者。
一番苦戰過後，眾人成功擊退泰坦獸，卻意外被吸入了傳說門。本章結束
我們又一次醒來，發現夥伴們都躺在地上，泰坦獸和密瓦涅獸都消失不見。為了搞清楚自己到底身處何方，眾人決定先找到出口。
一直往前走，走到樓梯處
觸發cg，為了避免危險埃癸奧獸決定先給大家探探路，推開井蓋發現，原來，大家到達了數碼寶貝世界。
這時通訊員發來訊息（這電話真猛，跨時空，跨次元），希望主角能通過在數碼寶貝世界有所行動，阻止現時的危機。
首先我們要收集情報，往前走和店鋪老闆說話。
然後和主路樓梯口的天馬獸對話
沿著樓梯上去與吱吱獸對話。
接著直走到廣場
觸發cg，看到宏偉的數碼寶貝世界埃癸奧獸很興奮，但眾人發現數碼寶貝的世界和人類世界的建築很相似，眾人決定多收集情報。
回頭路口左轉，進入下一個區域
靠右邊牆走，一直走到盡頭，打開門
觸發cg，各種數碼寶貝在酒館裡喝酒。
cg結束直接往前面走，到大門面前。
騎士獸會叫停我們，和它交流說明我們是密涅瓦獸的朋友，但是我們必須拿出證據它才會讓我們進去。
我們走出酒店，直走，在第一個路口，視角往左看，那就是密涅瓦獸的家。
進去後得知密涅瓦獸還沒回來，但是可以去找他的妹妹月亮獸。
離開後觸發cg，我們又收到了通訊員的來信，雖然我們上傳了很多數碼寶貝的情報，但是這些都跟新宿烈獄美說明關係，希望我繼續收集情報。
這時我們聽到旁邊又真吵聲，日冕獸和月亮獸被兩隻小熊獸嘲諷。日冕獸不服氣，追了上去。我們上去和月亮獸對話，月亮獸希望我們能幫助日冕獸，為了找到密涅瓦獸，眾人表示同意。本章結束。
我們要去阻止日冕獸，首先我們一路跟著月亮獸。
跟齒輪獸交流，鑽過鐵絲網。
從這個口進入下水道
進入下水道後，先一路直走，我們可以看到小熊弟弟。
原來是泰坦族出現了，小熊哥哥為了保護弟弟孤身與泰坦族周旋，然後我們一直沿著樓梯往下，這一段沒有岔路。
走到盡頭大門口，就能看見我們的目標
觸發戰鬥
戰鬥道一半密涅瓦獸就會出現幫助我們，戰鬥結束，一群人回到地面，密涅瓦獸對弟弟大發雷霆，事後，因為泰坦族入侵城市，密涅瓦獸要向墨丘利獸彙報，邀請主角眾人一同前往。本章結束
我們回到酒館和騎士獸對話
密涅瓦獸為我們證明，我們現在可以進去見墨丘利獸了。推開門觸發cg。
密涅瓦獸向墨丘利獸報告了泰坦的入侵，並說明了我們的來意，希望可以通過通訊裝置聯繫朱諾獸將我們送回到原本的世界，不過墨丘利獸表示通訊網絡出現了問題，懷疑是泰坦族入侵導致，這時手下傳來消息，民眾因為泰坦族的入侵開始陷入了慌亂，為了穩住大局墨丘利獸不得抽身，於是讓密涅瓦獸解決通訊問題，密涅瓦獸邀請我們一起去解決通訊問題，然後送我們回家。
這時通訊員發來消息，認為朱諾獸掌管的大門很可能與新宿上空的大門有關，於是讓我們前去調查。
出門然後直走
然後一路往右走走到盡頭
和天馬獸交流，前往下一個區域
直走往前下樓梯（中間障礙用數碼攻擊打破）
繼續向前，和機器交互到平臺上方
來到下一個區域，觸發cg，眾人仰望空間塔，卻發現塔被烏雲籠罩。這時通訊員發來消息，認為在原本世界消失的人可能是因為來到了數碼寶貝世界，這其中包括主角的養父，希望主角留意。
向前走，和齒輪獸交流後得知，我們需要接著齒輪獸了力量才能到達最上層，我們從旁邊的電梯先上去。
進入新區域先上樓梯然後往左邊走打破障礙，解救齒輪獸。
抱起齒輪獸將其放在右邊的大齒輪上，路就打開了
繼續往前走上樓梯，我們能看見第二隻齒輪獸。
抱起往左邊的齒輪上放
接著一路往前來到下一個區域
進入新區域後一路往上，這條路沒岔路，一直沿著樓梯走就行。最後做電梯往上
往右邊獨木橋走。
接著往上我們可以看到第三給齒輪，將它抱到箭頭處，然後向左走。
來到下圖這個位置，先乘坐電梯下去
我們會回到下一層，然後往左邊去抱齒輪，再坐電梯上去。
放到上層大齒輪中，緊接著做左邊的電梯上去。到新區域後一路往上走，觸發cg。
密涅瓦獸檢查了設備發現設備正常，此時，鸚鵡獸突然出現攻擊我們。
打倒半血墨丘利獸會出現幫助我們。
戰鬥勝利後，烏雲消散，通訊也回覆正常。可是通訊系統卻傳來工廠被泰坦族入侵的消息，墨丘利獸決定讓大家先休息一晚，明天一起討論如何應對泰坦族的進攻。眾人來到休息區，由於來到數碼世界，伊紀對當時在人類世界的埃癸奧獸更加感同身受，埃癸奧獸也更堅定了保護伊紀的信念。本章結束。
第二天到來，眾人醒來，伊紀由於擔心事情是否能夠順利回家，昨晚並沒有睡好，隨後便與埃癸奧獸一起去找墨比丘獸。這時我們收到了通訊員的來電，根據泰坦族的情報，現在數碼寶貝在處於內戰，很可能與現世的災難有關，讓我們密切調查。
出門左轉到達下一個區域
然後跟著任務標識一路向前，來到酒吧和墨丘利獸交流。
觸發cg，交流得知墨丘利獸很樂意幫助我們，不過由於泰坦族的進攻，前往朱莉獸宮殿的火車動力不足，現在我們要前往工廠恢復火車的動力。
出門一路向前去找飛艇獸
飛艇獸會帶我們來到工廠區域，但是在飛行的途中，飛艇獸遭遇了泰坦族的襲擊，被迫降落。
然後一路向前，我們會遇到守衛機器人獸，我們表面了自己的來意，他告知它們的首領武爾坎努斯獸貌似停止了動力供應，我們需要前往底層的控制室查看，但是在此之前需要幫助負責操作隔絕壁的小揪形獸，我們需要先送過去維修的零件。
沿著樓梯向下就能夠找到小揪形獸。
我們要修復它，就要找到修復用的保險絲，他說村落的商人身上有。
回頭往上面的平臺走就可以看到商人
和入侵獸對話後，發現保險絲賣完了，我們只能回去。
回去後，會提示我們使用電屬性“數碼攻擊”激活小揪心蟲獸，它起來後可以幫助我們打開旁邊大門，然後提醒我們需要找到他的同伴，它們才能合力打開動力室的大門，然後我們進入大門。
進入後我們往前走，視角往左邊看可以看到第一隻。
和起重機互動，右邊的通道打開
我們沿著右邊的通道打開，可以看到關起來的數碼寶貝，我們來到管道面前，埃癸奧獸鑽過通道去搭救數碼寶貝。觸發戰鬥，戰鬥勝利後獲得電池。
控制埃癸奧獸鑽回來，打破障礙，繼續往前走。
來到光標位置，我們可以聽到求救聲。
來到求救聲的大門旁邊的起重機，使用電池。
進入後破壞障礙物，解救數碼寶貝。
回頭繼續往前走。走一段路後可以遇到卡普利獸，它拜託我們應對失控的數碼寶貝。
通過這個通道進去
進去後到光標處觸發戰鬥
戰鬥結束原路返回，和卡普利獸對話，獲得電池。然後回頭啟動起重機。
左邊的道路打開，一路先前
到對面後會有三處求救聲音，我們先去右邊的，讓埃癸奧獸鑽進去，讓後爬到一半的時候會堵住，連續選擇幾次推它，就能夠出來。
將什麼獸推出來後就能可以回去了，然後我們前往正前方的大門，使用數碼攻擊打破大門，就能夠解救被困數碼寶貝。
最後前往左邊，先打破障礙，然後往前走觸發戰鬥。
搭救完後，回去啟動起重機。
下樓前往新區域。
然後往左邊走
與機器交互，來到上面一層。
和之前的小揪心蟲獸對話，它加入隊伍，然後回頭坐電梯回去，然後一直往下走。
來到大門前，發現大門已經壞了打不開，這時候一隻泰坦獸突然來襲擊我們，觸發戰鬥。
擊敗後，眾人決定通過泰坦獸的身體前往下層。隨後眾人來到大門前，在數碼寶貝的幫助下大門打開了。
我們見到了武爾坎努斯獸，其誤將我們認作是敵人，對我們發動了攻擊，隨後進入戰鬥。
艱難擊敗後，在我們的一番解釋下，和武爾坎努斯獸終於解除了誤會，恢復了動力系統。隨後視角往左邊走，坐電梯離開這裡。
一路往上，和守衛機器人獸對話，等待火車帶來。看到現在數碼寶貝的內戰，此時伊紀也向我們闡述伊紀父親的筆記，3年前伊紀的母親和弟弟離開人世，原因是由於數碼寶貝之間的內戰，所以伊紀希望數碼寶貝世界能夠和平，不再想有類似的事情發生。
隨後火車到來，和墨丘利獸交流，說我們現在可以前往朱諾獸的神殿了。本章結束
眾人乘坐火車來到了守護者神殿，一路向前進入大門
原來埃癸奧獸就是從丟失的蛋裡面出身的，隨著這幾次的行動，朱諾獸也認可了埃癸奧獸守護者的身份，並跟我們講了一段英雄時空傳說的故事。
從前的數碼寶貝世界由於、兩位大人掌管，管理者荷馬和時空獸，但是有一天邪惡的泰坦族企圖統治世界，時空獸為了保護大家挺身而出，並將泰坦族成功擊退會地底。但是時空獸也快死了，但是他留了個蛋，說這個給蛋以後能保護大家。
但是埃癸奧獸現在並不清楚自己的使命，巫女也表示現在不能打開大門，如果打開大門會由於數碼寶貝世界的不穩定從而影響到人類世界，必須擊敗泰坦族才願意打開大門。現在希望守護者能夠前往深淵地區，伊紀也不想重蹈覆轍，勸說大家一同前往。
離開神殿，前往火車處，此時通訊員傳來訊息，超自然調查局推測現在出現的絕大多數超自然現象可能都是數碼寶貝引起的。隨後我們乘坐火車到達深淵地區。
一路向前走觸發cg
然後和沙悟淨獸對話
沙悟淨獸感謝我們前來幫忙，想讓我們去調查一下貝殼獸，懷疑貝殼獸是否叛變。
接著我們一路向前，來到貝殼獸的家
貝殼獸說它沒有叛變，只是受傷了，作為聖母的我們去幫忙找藥
來到水池邊，通過游泳去找水上的數碼寶貝，擊敗有概率掉落藥。
然後我們回去找貝殼獸，交完藥後，委託我們找到烏龜獸
這邊藥回到村子裡找，這邊他在一個懸崖上面，可以看下面這張圖比對一下
然後我們通過數碼攻擊攻擊它腳下的箱子，烏龜獸就下來了，烏龜獸交給我們珊瑚碎片，然後我們回去找貝殼獸。貝殼獸終於邀請我們進門，我們卻在屋子裡看到了一隻泰坦族。
貝殼獸表示，看到半魚獸受傷不能視若無睹，就帶回家給他治療，而且半魚獸也沒有了戰鬥慾望。眾人正在交流，突然外面傳來其他數碼寶貝的聲音，說有泰坦族打過來了。叫貝殼獸趕緊跑。伊紀念決定前往村落看看。
先向前走和章魚獸對話，瞭解到倖存的數碼寶貝回到了海底。眾人決定先回貝殼獸哪裡商量對策。
我們原路返回，回到貝殼獸的家，向貝殼獸講述了當前的狀況，此時，半魚獸也醒來，半魚獸感謝貝殼獸的照顧，決定前往勸說泰坦族的首領，眾人決定跟隨半魚獸一同前往。臨走貝殼獸給我們一個法螺，到地點後吹響法螺可以呼喚出貝殼獸的盆友。
出門遭遇戰鬥
接著回到村落，可以遇到半魚獸的同伴，觸發戰鬥
往前走一點，吹響法螺，我們來到海底。伊紀發掘現在守護者獸好像變得越來越有責任心了，看待守護者獸就感覺像弟弟一樣，十分欣慰。
繼續往前走，來到十字路口，半魚獸說這邊很水流很危險，不夠可以去找他的朋友潛艇獸幫忙。
我們向下游過去
接著視角向右邊看，過去。
接著向下走觸發cg，半魚獸說前面就是他朋友所在地。
在這個圓盤選擇等待，不一會一群泰坦獸就過來了，觸發戰鬥。
打到第二波敵人，半魚獸和潛艇獸回過來幫忙。
潛艇獸加入隊伍後可以逆流而上了，這時候就可以通過剛才過不去的水流地了。
來到盡頭，我們看到鯊魚獸，對話得知，泰坦族在尋找一個叫做氣脈的東西，此時半魚獸勸說阿祖收手吧，不過鯊魚獸篤定吃定我們了，於是開始戰鬥。
戰鬥結束，鯊魚獸帶著部下逃跑，事後我們回到了貝殼獸的家，貝殼獸為了照顧大家已經離開了。眾人回到村落，村子已經被毀了，半魚獸決定徹底背叛泰坦族，開始守護數碼寶貝世界，眾人通過火車離開深淵，鯊魚獸而在決定休養生息，等待捲土重來。
我們坐火車向朱諾獸報告情況，朱諾獸瞭解到泰坦族想要掠奪氣脈，氣脈是整個數碼寶貝世界的支撐，一旦消失數碼寶貝世界危在旦夕。三年前大戰打開了大門，導致部分人類受到了傷害，所以部分人類對數碼寶貝心懷怨恨，為了避免情況再次發生，朱諾獸拒絕打開大門。伊紀等人也決定前往齒輪森林，阻止氣脈被盜，保護兩個世界的安全。
我們乘坐火車前往齒輪森林。
觸發cg，伊紀在火車上想起了自己的父親和好友弘子，闡述他們因為3年前的事故改變了許多，父親變得更關注自己的安全，弘子放棄了自己的愛好，希望獲得更多有關3年前事故的情報。對話結束，我們在火車上看見了幾隻數碼寶貝飛到了齒輪森林，懷疑它們是泰坦族，眾人也來到齒輪森林。
一路往前走，觸發cg，埃癸奧獸發現前面有隻巴魯獸在被欺負，眾人前去幫忙，觸發戰鬥。
戰鬥結束，被幫助的數碼寶貝帶我們去村落，伊念看到埃癸奧獸的成長很欣慰，自己表示想要3人一直在一起，自己從原先失去親人的軟弱狀態走向積極。
往前走，觸發cg，我們可以藉助巴魯獸的能力到對面。
接著往前走（右邊是收集物，可以不去），我們可以看到被纏繞的藤蔓，使用數碼寶貝攻擊，在交互就能過去。
到對面後，視角往右邊，打破纏繞，繼續向前。
這裡打破障礙，繼續向前。
視角往左邊看一路向上。
使用數碼寶貝攻擊，去對面。
繼續向前觸發cg，遭遇泰坦族觸發戰鬥。
戰鬥結束，向前進入村落。巴魯獸藥將泰坦族的入侵的事情告訴大家，委託我們將信息告訴巴克科斯獸。巴克科斯獸是村落的村長，不過經常把自己弄得醉醺醺的，村中大小事務都是塞壬獸處理。
向前走，我們就能夠遇到巴克科斯獸與塞壬獸，巴克科斯獸已經喝醉了，我們表露來意，並說明泰坦族可能即將入侵世界樹，塞壬獸聽罷，決定加入我們一同前往世界樹，保護世界樹的安全。
往前走進入迷宮。
進入後，攻擊中間的大樹，然後觸發戰鬥。
戰鬥結束後，我們就能夠向前走，來到世界樹面前。
眾人發現，泰坦族正在啃食世界樹的汁液，立馬決定上前阻止，戰鬥結束。
趕走泰坦族後，塞壬獸慶幸世界樹安然無恙，但卻感受不到世界樹的力量。此時醉倒的巴克科斯獸前來，發現原來是泰坦族改變了世界樹的氣脈流向。
眾人回村落商量對策，巴克科斯獸委託眾人回去向朱諾獸報告，說明世界樹已經被攻擊，全軍破敵無法避免，全體進入戰備狀態。
我們回頭走到火車這裡，此時通訊員傳來消息，認為接下來的戰爭很可能和8年後的戰鬥有關，讓我們密切關注。突然一隻數碼寶貝傳來消息，說朱諾獸的聖殿遭到了泰坦族的進攻。眾人決定馬上回去。
我們乘坐火車前往守護者宮殿。
在火車行駛的過程中，眾人發現有泰坦族和火車並駕齊驅，眾人向泰坦族發動攻擊。
一路向前，用數碼攻擊攻擊盡頭的數碼寶貝。數碼寶貝被火車創飛，我們也來到了神殿門口，觸發戰鬥。
戰鬥結束進入神殿，觸發cg
我們看到泰坦族正在圍攻朱諾獸，想要朱諾獸交出祕寶，但朱諾獸不能離開王座，只能開啟屏障抵擋。眾人見狀與泰坦族交戰。
但是戰鬥結束，更強大的泰坦族前來，朱諾獸不敵，於是將祕寶交付於主角，並打開的人類世界的傳送門，希望其能夠保護祕寶。這時埃癸奧獸也想和主角二人一起離開。但是朱諾獸勸說其不要離開，數碼寶貝獸需要你，埃癸奧獸為了守護伊紀，依然決定前往人類世界。
朱諾獸非常生氣，因為埃癸奧獸背棄了自己的使命。於是擴大了傳送門將所有人吸進去了。
眾人被吸入次元空間，祕寶不幸遺失，泰坦族向著祕寶追去，並準備呼叫援軍。埃癸奧獸也透露了自己的內心，堅定的想要陪伴在伊紀身邊，由於這股子強烈的羈絆，埃癸奧獸也完成了進化（名字太長，後面就叫咩咩羊了）。
泰坦族族通過傳送門入侵了人類世界。眾人也從空中落下，但幸運的是，路過的天馬獸成功搭救了我們，原來數碼寶貝世界各處都出現了傳送門，天馬獸也被吸入。此時祕寶也從傳送門出現，為了保護祕寶不落入泰坦族之手。眾人決定前往保護祕寶
接著一直跟者路標走，會在前面遇見公安部門。
觸發cg，看到我們背後跟隨著數碼寶貝，他告訴我們西蒙絲博士囑託過，遇到帶著數碼寶貝的探員要帶天馬去見她，不過現在博士不在，為了保護我們的安全他讓我們進入防護罩內。
我們又遇見了之前遇到的公安，它們說即將用電磁網封閉都市大樓周圍5公里，讓我們去避難。而現在我們沒時間向他們解釋了，直奔大樓。
接著我們前往地鐵
然後一路向前可以遇到西蒙絲博士，此時她正在和助手久我一同佈置設施。我們表明來意，想要前往都市大樓，但是博士說現在數量眾多的數碼寶貝在，我們根本不可能前往。不過她現在在佈置電磁裝置，成功布置後，能夠封住數碼寶貝的行動，需要我們去安裝三處裝置的電池，並指派了一隻數碼寶貝來幫助我們。
和博士對話後，來到外面往前走和士兵對話，前往小巷。
然後一路往前，來到第一個裝置這裡。我們成功將電池送到，當為首的公安暮海廣大不願我們繼續前往，因為他是伊紀爸爸的朋友，不願好友女兒前往危險之處。但是伊紀不願再看到悲劇重演，堅持幫忙，幕海無奈，只能幫助。
對話後，我們來到下水道，岔路右邊的門打不開，所以我們在岔路口直走就好
往前走走到盡頭，往右邊走，看到上方有關通道，上去交互，讓咩咩羊爬過去。
控制咩咩羊，一路向前，戰鬥後解救公安人員，公安告訴我們裝置被泡在水中。
我們往前和水閥控制器交互，排出水。
然後我們控制主角前去和咩咩羊會合。
對話結束成功啟動第二個裝置，然後繼續走，來到大門這裡，交互打開大門。
一路向前到光標處觸發cg。我們發現這裡的裝置被破壞，但是能夠修復，現在我們需要去找修復工具。
然後我們跟著提升走，獲得修復工具。
對話結束，我們被傳送回去，發現公安正在被數碼寶貝襲擊，前去擊敗數碼寶貝，擊敗後裝置被修好，附近的數碼寶貝也消失了。
三處裝置修好後，我們回去找西蒙絲博士，臨走時博士給我們一個迷你電磁裝置，不過只能使用一次。
然後我們前往大樓，觸發cg。我們看到了祕寶，但是一隻泰坦族搶走了他並吸收了祕寶的能量，戰鬥開始。
戰鬥中途，通訊員傳來訊息，如此大規模的數碼寶貝入侵事件竟然在8年後一點訊息都沒有，懷疑是由於我們的行動導致了災難提前到來。
繼續戰鬥，在戰鬥中，主角向伊紀表示，自己來自未來，並且未來正在遭遇一場數碼寶貝劫難，而這個劫難由於他們好像提前到來了。
戰鬥結束，泰坦獸徹底吸收祕寶的力量，二階段開始。
在戰鬥中，主角發現數碼寶貝之間的戰鬥會產生時空亂流，於是使用了博士給的微小電磁裝置進行了干擾，穩定了時間亂流。在我們擊敗泰坦獸後，祕寶的力量徹底失控，此時咩咩羊義無反顧的走向祕寶，想要融合祕寶的力量。在咩咩羊進入後就發生了時空爆炸。
三人經歷爆炸後來到了一個未知區域，在這裡進入一個房間後。見到了世界樹，崑崙與荷馬，他們是三個數碼寶貝世界的管理者，它們被某個高等存在創造，由於法則的混亂，三個人跑到一起開會。
而三人在見到主角等人也十分驚訝，將它們送回到人類世界，並給予主角等人道具紅龍數據碎片。
三人被送到了8年後的新宿,但是這時新宿災難海未發生。
伊紀念提議先回家看看。
往前方走，觸發cg，由於咩咩羊的出現，有自由博主想要博流量。眾人逃離後來到一處小道。
繼續往前走，回到家，觸發cg，弘子看到消失8年伊紀十分激動，交流得知伊紀的父親未來尋找她，再也沒回過家，將房子交給了弘子。同時在這個時間線，數碼寶貝不再是隱藏的信息，政府修建了希望之牆用來隔離人類和數碼寶貝。眾人決定在這個新時間線先收集情報。
剛出門，眾人就被D-SAT攔截了下來，它們接到舉報，有數碼寶貝逃離了希望之牆，前來逮捕，未來避免衝突，眾人決定跟它們走。
我們被關了起來，這時候前公安人員城木明日奈前來搭救我們，她無法認同殘害數碼寶貝的公安。她推測一些被抓的數碼寶貝可能被當做實驗品，她受人委託前來搭救我們，並將我們帶到一處地方。
在這裡我們看到了被人類做實驗的數碼寶貝，此時的久我已經成為了科學家，並進行者對數碼寶貝的實驗。
接著我們往前走，用數碼寶貝攻擊，打落梯子。
進入cg，原來是西蒙絲博士派人將我們搭救，告知她被調到D-SAT，被命令開發用來消滅數碼寶貝的兵器，她並不喜歡製作武器久辭職了。現在她在研究更加龐大的對象，這個世界的真理本身。現在博士在新宿地下的反抗村莊中，希望我們來到她的實驗室詳聊。
接著我們來到反抗村莊，發現這裡竟然是一座數碼寶貝的村子。然後我們見到了博士，博士不齒前東家的卑劣行徑，想要打造一個數碼寶貝和人類和平共處的時代。而在瞭解到我們是通過時空亂流穿越而來也是進行了分析。她認為未來存在各種分支路線，而造成分支路線的原因可能在於主角的等人的穿越。更加詳細的情況，她提議我們去找這座村子的村長。
我們見到了村長，竟然是墨丘利獸，原來在之前與泰坦族的戰鬥中它們不幸落敗，它們便跑到了人類世界苟且偷生，他發現人類和數碼寶貝的紛爭不可避免，墨丘利獸必須為了數碼寶貝和人類鬥爭下去，來博得一線生機，主角等人勸解，但墨丘利獸表示即使他同意，絕大多少被傷害的數碼寶貝也不會同意。所以墨丘利獸說如果想要雙方和解，必須就將原來被泰坦族侵佔的村落解放，這樣就同意和解。
和莫丘利獸對話完後，先出門和博士對話可以獲得博士的id，然後前往大門處，觸發cg。
這時候一個數碼寶貝跑了過來，他聽說在數碼寶貝世界有一個醫者，無論是誰受到傷害都會治療對面，數碼寶貝請求眾人能帶醫生過來為墨丘利獸治療。隨後眾人穿過大門來到了數碼寶貝世界，發現城鎮已經被泰坦獸佔領，眾人決定先收集情報。
一路來到往前走，來到酒吧
觸發cg，眾人不知道如何下手，這時候，拉娜獸前來搭訕，在瞭解我們的來意——希望和泰坦族和平交涉，表示願意幫助我們。
為我們介紹了現在的交通攻擊大師泰坦獸，並表明自己的身份是泰坦族中穩健派的領導者，併為我們提供了關於醫生的情報，就在沿海的村落。
在飛船伊紀想起了貝殼獸，不知道現在過的怎麼樣，拉娜獸表示貝殼獸現在過的非常好。在貝殼獸的努力下，成功讓海洋村落重建下來，並通過與泰坦族交涉獲得了自治權。私底下也與拉娜獸有過幾次交流。並說明泰坦獸的主要需要是氣脈，只要掌控了氣脈，其他的並不在乎。8年後的海洋已經變成了紅色，眾人決定先找到貝殼獸。
一路向前來到貝殼獸的家。觸發cg，原來貝殼獸已經進化成維納斯獸，原來維納斯獸就是那個醫生。我們說明了來意，希望維納斯獸可以為墨丘利獸治療，不過維納斯表示現在兩族結盟期限將至，希望我們能先和泰坦族去交涉，並送上準備好的禮物。
我們和巨鯨獸交流來到海底。
往前走，我們可以遇到8年前的潛艇獸，他願意護送我們。
往前走觸發cg，我們遭遇了數碼寶貝的攻擊，進入戰鬥。
擊敗後繼續向前。
一路向前觸發cg，我們遇到了8年前的半魚獸，現在已經進化成了尼普頓獸，他依舊願意延續目前和平的現狀，並將當年貝殼獸給予他的圍巾交給主角，以此作為見證，延續兩族的友誼。
然後我們返回地面，將信物交給維納斯獸。但是看到信物的維納斯獸很吃驚，眾人離去後痛苦的倒在地上，彷彿在後悔自己行動，原來是之前送去的禮物裡面有毒，在尼普頓獸喝下禮物後就毒發身亡。
尼普頓獸死去後，海面上升起了紅色的瘴氣，眾人昏迷。當年那個偷蛋的神祕黑影再一次出現。
眾人醒來，發現來到了夾縫空間，紫發妹子解釋，原本我們吸入毒氣後本該死去。但是那個黑影動用了禁忌的時間力量，扭曲了時間，主角眾人得以生存。
我們再一次來到了三個管理者面前，荷馬陷入了沉睡，其它兩位管理者礙於協議，不能干涉荷馬的世界，但荷馬世界如果崩塌，那麼世界的力量會不平衡，於是崑崙提醒我們荷馬睡覺之前準備了一件東西，讓我們去問問紫發妹子。
紫發妹子給我們帶到了劇院，說咩咩羊已經吸收了祕寶的力量，覺醒新的能力——全世幻想。通過劇院可以演化出一段未來的場景，眾人來到劇院演出了關於貝殼獸和半魚獸之間的悲劇故事。
紫發妹子表示全世幻想是能看到既定命數的力量，我們能夠進行干涉，當我們即將干涉時間線時，神祕的黑影出現就表示已經干涉時間線，那個黑影就是其他世界對未來的期念。半魚獸的死對於整個世界的影響至關重要，所以紫發妹子委託我們改變這個悲慘的故事。
眾人來到悲劇發生前的時間段，眾人決定先收集情報。
先來前面和沙悟淨獸對話。我們得知由於氣脈被奪走，空氣被汙染，原先的數碼寶貝受不了被汙染的空氣開始生病，而泰坦族早已經適應了這種被汙染的環境，所以不被影響。
接著我們再找到海龍獸和螃蟹獸對話。眾人確定已經穿越到災難發生前的世界。
接著我們去找維納斯獸，向她說明未來會發生什麼，但維納斯獸不信，唯一可以確定的事酒裡確實有毒，不過只是麻痺藥，並不會害人性命。但現在為了保險起見維納斯獸想要同眾人找回酒。
這時候眾人發現，拉娜手不見了，飛艇也要起飛，眾人決定先上飛艇。在飛艇中維納斯獸發現了致命的毒素，眾人明白真相，原來是拉娜獸再酒裡下了毒。拉娜獸從一開始就目的不純。拉娜獸想要兵不血刃的侵佔數碼寶貝的世界。為了掩蓋祕密，向主角發動攻擊。
擊敗拉娜獸後，維納斯獸勸拉娜獸收手，拉娜獸不服，向我們道明，泰坦族被下了時空獸的詛咒，這致使泰坦族被流放到邊緣之地，看著數碼寶貝依靠氣脈的資源過著安逸的生活，所以泰坦族心生怨恨，眾人也瞭解到泰坦族的怨念，但當務之急是就半魚獸。於是眾人返回地面。
回去找巨鯨獸，我們再次來到海底。
我們前去尼普頓獸，再尼普頓獸即將和酒時，維納斯獸阻止了他，讓他沒有喝下毒酒。
兩位老友正要對話，可是拉娜獸不死心，並告知我們拉娜獸8年前參與了陷害幕海隊長，假意靠近最後傷害了幕海隊長，並以此為榮。然後拉娜獸性壓抑了，進化為烏賊獸與我們戰鬥。
再戰鬥期間，烏賊獸告訴泰坦族有著比氣脈更看重的東西，統治整個深淵領地，但因為尼普頓獸長期的不行動，導致其不被信任，她來到這裡就是為了除掉尼普頓獸。擊敗後，烏賊獸向我們表露心意，她並非本意，只是受到指派，身不由己。
故事的結局改變了，尼普頓獸沒有死亡，併合理擊敗了泰坦族，兩人決定合理保護海洋。
眾人回到夾縫空間，紫發妹子告訴我們命運已經改寫，荷馬在沉睡前解放了氣脈的力量，氣脈的力量將彙集在咩咩羊身上，現在只有繼續找到並拯救反對命運的人，才能阻止法則的崩壞。紫發妹子讓我們先去看看剛被我們拯救的同志。
眾人回到深淵區域
先去找維納斯獸，維納斯獸告知我們尼普頓獸已經率領部下去解放氣脈了，表示自己也願意去治療墨丘利獸。
眾人回到飛艇獸內部，伊紀向咩咩羊提問，認為現在它們可以改變時間是因為當初咩咩羊吸收了祕寶的力量。不過眾人依舊好奇那個神祕的黑影是誰。眾人返回中央鎮，不過此時通訊員傳來消息，它們認為咩咩羊體內穿越時間的力量十分危險，將其認定為S級超常現象，讓主角密切關注。
我們來到下水道，回到人類世界。
但是回來之後，博士告訴我們在我們回來之前，墨丘利獸就已經倒下了，現在數碼寶貝群龍無首，很混亂，維納斯獸表示她立馬去救它。
我們找到墨丘利獸。維納斯獸檢查後，我們得知它是中毒了，這個毒和當時拉娜獸使用的一模一樣，所以她也束手無策，不過她研究了一種類似的毒，希望解藥能有作用，現在需要材料：果實林的果實。眾人決定去齒輪森林尋找。
我們回到中央鎮，去找飛艇，維納斯獸表示她需要照看墨丘利獸希望能夠找到一些線索。
眾人來到森林，發現森林已經枯竭，眾人決定先去村落看看。
接著向前走可以遇到被襲擊的數碼寶貝，觸發戰鬥
戰鬥中途獅鷲獸會前來幫助我們，原來他是之前的麻鷲獸進化來的，她希望我們能夠前往村落，幫助村子。
我們來到村子但是沒發現任何數碼寶貝
接著我們前往神域，一路向前，看之前那顆大樹。
靠近後觸發戰鬥，戰鬥結束大樹認出我們，告訴我們巴克科斯獸就在前面
我們來到下一片區域和巴克科斯獸交流，巴克科斯獸之前喝醉了，泰坦族趁其喝醉對它們發動了攻擊，導致其他數碼寶貝都已經死了。和我們交流完，巴克科斯獸內疚不已，已經喝下毒酒自盡了。
這時候神祕的黑影再一次出現。
我們再一次出現在了夾縫空間。紫發妹子告訴我們黑色影子的出現意味著巴克科斯獸的死亡是歷史的轉折點
我們再次進入歌舞廳，去看關於巴克科斯獸的故事。
泰坦族的怨念
歌劇院告訴了我們關於巴克科斯獸的故事，巴克科斯獸原先和村民們快樂的生存著，巴克科斯獸保護著村子不被泰坦族侵擾，每次勝利巴克科斯獸都會和村民們喝酒慶祝。但是這也被泰坦族抓住機會，在一次慶祝後，所有數碼寶貝都陷入了沉睡，泰坦族趁機發動攻擊。巴克科斯獸自愧害死了所有人，於是喝酒自殺了。
眾人看完故事，時間再一次回溯，不過通訊員此時傳來訊息，希望主角嚴密監視咩咩羊，因為時間是一種禁忌的力量，主角的養父就是因為接觸了時間這個研究消失不見的。
接著往前走我們有能看見被泰坦族襲擊的數碼寶貝。和之前有所不同的是，這次來的時間更早。
戰鬥結束，我們與蓮花獸對話，原來他就是之前的弗洛拉獸，我們得知現在正在舉辦慶典，不過我們告知其泰坦族即將攻過來，蓮花獸大驚，決定一同回村。
我們回到村落，發現數碼寶貝們已經喝了酒，眾人決定找巴克科斯獸詢問情況。
但是巴克科斯獸也已經睡著了，不僅是數碼寶貝，主角眾人也感覺到睏意，開始昏昏欲睡。
大家都睡了以後，我們進入夢中世界。然後往前走，蓮花獸提醒我們好像進入了迷宮。
往前走可以看到本圖唯一的解謎，我們先從左下角的門，從左側進去。
然後我們會來到頭頂門的右側，接著從右側往門利走。
我們會來到右下角門的右側，接著從右側往左邊走。
這樣我們就來到第一個門的右側，接著往右邊走就能看見科爾巴斯獸。
接著一直往右邊走即可，即可觸發cg，我們將遭遇女巫獸。
擊敗女巫獸後，女巫獸說咩咩羊其實對於泰坦族來說是惡魔的轉世，不過話沒說我就魂歸於天了。眾人離開夢中世界，所有的數碼寶貝都醒來了。巴克科斯獸指派塞壬獸去守護世界樹，眾人決定去幫忙。
我們來到神域，發現塞壬獸被幹翻在地，幸好我們及時趕到，開始戰鬥。
戰鬥結束，由於塞壬獸受到了不小的傷害， 變成了草，但巴克科斯獸相信塞爾獸一定會復活，並且將一直守護塞壬獸和村子。
我們回到夾縫空間，由於有幫助了一個同志，所以咩咩羊又獲得了新的力量。
眾人回到森林，參加了慶功宴。咩咩羊很開心，認為自己已經逐漸掌握了這股力量，希望到時候可以穿越回去拯救伊紀的媽媽和弟弟。但是通訊員提醒道這個想法很危險，搞不好會毀滅世界。深夜伊紀看到天上的星星，突然想到，或許神話中那些神可能就是數碼寶貝，以前孤獨的時候自己常常看星星。現在在主角和咩咩羊的陪伴下不會感到孤單，咩咩羊也堅定了守護伊紀的心。
白天醒來，我們和巴克科斯獸交流，雖然現在氣脈穩定了，但森林恢復卻仍然需要一段時間。而我們需要的果實必須在森林完全恢復的時候才能看到，不過如果結出了果子一定會通知我們。
我們回到墨丘利獸身邊，墨丘利獸的身體目前還沒出現問題，他感謝我們解放了村落。伊紀不理解父親為何會加入如此公安，但此時通訊員發來訊息，高層認為擁有改變時間力量的咩咩羊極度危險，現在要直接下達毀滅的指令，不過搭檔拖延住了，因為搭檔認為咩咩羊或許能拯救世界。這時，墨丘利獸委託眾人前往工廠區域希望能趕走哪裡的泰坦族。
我們乘坐飛艇來到工廠區域，發現這裡格外熱鬧，眾人決定先調查情報。
往前走，我們遇到了之前的守衛機器人獸，他告訴我們武爾坎努斯獸已經消失了。接著往前走觸發cg，飛蟲獸告訴我們前面是高層競技場，那裡已經是卡利斯獸的天下，卡利斯獸就是當年我們救助的那隻小熊獸哥哥，其弟弟已經跑到了反抗村莊。
眾人決定先找小熊弟弟聊一下，眾人返回反抗村落。
我們找吱吱獸瞭解情況，得知那傢伙可能在新宿地下競技場。
我們乘坐天馬獸前往競技場。
落地，旁邊的公安隊員說有幾隻數碼寶貝已經跑了，傳聞是一隻數碼寶貝營救了它們。
向前走，我們要先對話報名，然後得知要見到小熊獸弟弟需要先打完競技場。
接著我們要一直打競技場，在最後一場就能遇到格鬥獅子獸（他就是由小熊獸弟弟進化而來）
戰勝之後，我們將小熊獸哥哥的情況告訴給了他，他很吃驚，決定和眾人一起去看看哥哥，但是這時伊紀收到了來自弘子的對話，要她前往廣場，眾人決定先去廣場看看。
接著我們在廣場遇到了弘子，見面後得知弘子通過拍視頻已經賺夠了做動畫的錢，這時候已經完成了自己的夢想，眾人為她感到高興，希望眾人可以平安歸來。
眾人返回反抗村莊，吱吱獸跑過來告訴我們十字獸已經提前出發了，眾人決定追過去。
我們再次來到高層競技場，觸發cg，和數碼寶貝交流得知，卡利斯獸開始發瘋，甚至襲擊觀眾，原來是獅子獸已經到來了，於卡利斯獸交流了一些東西，然後兄弟二人就開始相殘。
咩咩羊懊悔，神祕的黑影又開始出現，眾人再次來到夾縫空間劇院。我們看到了小熊獸的故事，原先兄弟二人關係特別好，兩人互相支持，並勵志要成為強大的戰士。不過後來泰坦族入侵，兩兄弟分離。弟弟將對泰坦族的怒火化作動力，直到知道哥哥變成了泰坦族，演變成悲劇結尾。
我們回到剛擊敗獅子獸的時間點，我們才剛收到來自弘子的對話。我們告誡獅子獸未來會發生什麼，我們的聖母來說發動嘴炮攻擊，最後成功打動獅子獸，獅子獸放棄了獨自前往的念頭，願意和眾人一起去。
然後我們前往高層競技場。
來到競技場後先和周圍的數碼寶貝聊天，我們知道了參與戰鬥的競賽選手，然後找火山獸報名。
接著一路打，打到最後我們就能遇到卡利斯獸，獅子獸想要與哥哥交流，但是卡利斯獸好像神志不清。
在戰鬥中得知，卡利斯獸和泰坦族做了交易，同意改造自己的身體，換來保護弟弟的安全。這時候伊紀開始鼓勵獅子獸，獅子獸完成了進化。
打敗哥哥後，卡利斯獸迴光返照，成功恢復了理智，但是身體已經撐不住了，最後死了。但是獅子獸將繼承哥哥的意志活下去。
眾人回到夾縫空間，紫發妹子告訴眾人當找到所有使徒的時候，聖脈的力量就會完全解放。
咩咩羊現在對時間的掌握愈發熟練，想要在未來的某一天拯救伊紀的母親。不過通訊員認為在這並不是一件好事，一個孩童可以隨意操控時間很可能導致更嚴重的事件發生。
我們回去找墨丘利獸，他現在已經病入膏肓，但是現在它們得到情報，泰坦族即將入侵即將入侵反抗村落，現在數碼寶貝被已經前去阻止。但是另一邊人類組織貌似也有動作，希望我們能夠去幫忙
我們先去找到博士
從博士口中我們得知人類要啟動巨大兵器進攻反抗村莊。於是博士向眾人尋求幫助，希望眾人可以組織這一場災難。
和博士對話前往研究所
伊紀遇到了自己的父親，但是岳父竟然派人要抓我們，並且要提前啟動巨大機器，因為它們檢測到明天都市大樓上空將會有一場數碼寶貝的大進攻。伊紀讓兩人先走，自己應付老爸，希望兩人能夠阻止災難的爆發
此時通訊員傳來訊息，認為這個時空也即將進入新宿地獄時間，提議消滅時空亂流的元凶咩咩羊，但是我們的主角拒絕了，搭檔也決定幫助主角。
然後我們往前走，遇到吱吱獸。他告訴我們墨丘利獸前往了數碼世界，但是已經毒發身亡了。
然後一直往前面走觸發cg。我們遇到了運送代表，他表示可以帶我們過去。
我們又回到了8年前的場景，伊紀被巨大機器攻擊，但是這一次，咩咩羊挺身而出，救下了伊紀。
空中又出現了當時那隻神祕的數碼寶貝，給了機器人一拳，爆炸又發生了。
因為爆炸，伊紀被吸入了未知的空間，咩咩羊急哭了。然後因為憤怒進化了，這時我們獨自來到了劇場。
紫發妹子告訴我們兩人被吸入了時空亂流，告知我們現在依舊能改變時間，然後給我們看見墨丘利獸的故事。數碼寶貝因為墨丘利獸的強大匯聚在一起成立了村落，但是後來泰坦族開始進攻，墨丘利獸被毒箭所傷，最後不幸死亡。
我們回到了反抗村莊，去找墨丘利獸。此時通訊員傳來消息，發現主角自己就能夠穿越，不需要依靠咩咩羊的力量。對話結束我們去找墨丘利獸，我們發現墨丘利獸還活著，我們成功穿越
我們告訴了墨丘利手獸未來會發生什麼，但他仍然不願放棄。這時維納斯獸回來了，他帶來了藥治療好了墨丘利獸。我們同他一起向泰坦族發動進攻。
接著我們來到數碼寶貝世界，這裡已經亂作一團，墨丘利獸已經殺了進去，我們跟隨他一起衝。
往前面走，雖然我們幫熊貓打倒了敵人，但是道路卻被封死了，我們只能繞道。
在盡頭我們遇到了一隻神祕數碼寶貝，給我們說了一串謎語話，然後開始戰鬥。
戰鬥結束後，神祕數碼寶貝離開，期待和我們的下次見面。我們成功改變了歷史，神祕藥去除了毒素，數碼寶貝在墨丘利獸的幫助下戰勝了泰坦族
紫發妹子告訴我們當我們集齊所有使徒的力量後，就會明白我們為何能夠穿越。
我們離開劇場，走到大街上，狼人加魯魯獸告知我們墨丘利獸正在找我們。
墨丘利獸告訴我們災難只是被延後了，如果泰坦族發動攻擊，人類遲早會使用巨型兵器。希望主角能夠與泰坦族的首領進行交涉，化解矛盾。
我們通過飛艇直接來到暗黑領域。
然後一直向前走遇到怪蛙獸，對話後他就會加入我們。
怪蛙獸加入後，我們就可以和地圖上的一些地點進行交互，飛到對面。
最終我們來到普魯託獸面前，發現他已經失控，被迫交戰。
在我們擊敗普路託獸後，神祕的黑影再一次出現。我們上前與其觸碰，之後便來到了夾縫空間
紫發妹子告訴我們那個黑影模式是絕望的集合體，希望我們引導他走向希望，不要它在痛苦中輪迴，而讓這個黑影走向美好的使命正是我們存在的真正使命。
然後我們來到劇院，觀看普路託獸的故事，曾經的它是數碼寶貝世界的王者，可它被拉下王座後便來到冥府。某一天普路託獸又率領大軍進攻數碼寶貝世界，未來阻止泰坦族，你進入了冥府前去阻止，可是你發現，此時的普路託獸只是一隻行屍走肉，到底是誰在控制泰坦族，等你解開這一切，就能拯救世界。
看完故事，我們回到冥府，前去找普路託獸。我們再一次來到宮殿。
觸發cg，看到那隻神祕的數碼寶貝正在和普路託獸交流，原來普路託獸在被這隻數碼寶貝控制，普路託獸對於它幾乎沒有價值，想要通過時之藥讓其變成行屍走肉。這時候我們趕到，可是普路託獸沒多少時間了，她告訴我們這一切的鬥爭都是被設計好的，傳說中的英雄策劃了這一切。
併為我們講述了時空英雄王的故事，時空英雄王擁有讀取世界記錄的能力，在某一天得知，在他之上貌似還有更為高等的存在。時空獸對這個結果感到絕望，原來自己只是一個打工的，所有的一切都是所謂的神安排好的，所以他帶領泰坦族向高等存在發動了攻擊，但是高等存在擁有絕對的力量，時空獸戰敗後被封印在全世紀錄的核心當中。泰坦族也被驅逐。現在的泰坦族只是被英雄的怨念利用，普路託獸希望主角能將真相告訴大家。
我們回去找墨丘利獸，告知真相，普路託獸也被維納斯獸治好。
紫發妹子告知我們，時空英雄王的怨念是導致這一切的元凶，原本創造的蛋變成黑蛹，打算羽化成惡魔。
對完話後，回去找到墨丘利獸，他告訴我們現在被怨念化身操控的泰坦族打算對人類世界下手
我們前往反抗村莊，找到希蒙絲博士。我們告知泰坦族即將對人類發動進攻，大門即將打開，人類可能又有啟動那個毀滅機器。
然後我們前往地下研究所，我們使用偽造的id卡進入研究所內部，希蒙絲博士讓我們先前往警衛室尋找情報。
我們到達警衛室，我們發現數碼寶貝被關在最深處，我們現需要更新我們的id卡才能進去。
現在我們前往服務器機房，博士讓我們尋找負責人ID
接下來我們要在旁邊幾個房間搜索線索。等搜索過幾個房間後，我們需要擊敗外面的一隻數碼寶貝來獲得id權限卡。
打敗後回去找博士，雖然成功激活了id，但是也觸發了警報，我們出門戰鬥。
戰鬥結束前往B區
觸發cg，原來武爾坎努斯獸的核心被放入到了兵器當中，記錄現實他是在30分鐘前被移除核心，博士對人類的行為感到失望，這時候，黑影再次出現。
我們再次來到夾縫空間，看到了武爾坎努斯獸的故事，他嚮往人類世界，終於有一天他和人類締結了友誼。但是卻也被邪惡的人類利用，通過他研究了巨型兵器，而武爾坎努斯獸的核心也被裝入的機器當中。
我們再一次回到研究室，我們發現時間並沒有跳躍，同時巨型兵器也被啟動，博士希望我們能夠去阻止，兵器正在被送往都政府大樓。
接著我們乘坐天馬獸前往都政府大樓，我們又看到黑影，黑影消散，原來它就是咩咩羊。原來他未來拯救伊紀已經嘗試了很多次，但是每次都失敗。他最後發現只要不出現在人類世界，這一切都不會發生，所以才打算去偷蛋。
咩咩羊也為我們講述了蛋的起源，原來是時空獸為了打破自己的封印留下的後手。我們突然又回到劇院，紫發少女告訴我們時空獸通過製作混亂，再利用咩咩羊想要拯救少女的心，將世界搞崩潰，然後讓法則變得混亂不堪。但是這一切能被身為主角的我們改變。
我們回到研究所，但是這一次的時間被改動了，我們來到了武爾坎努斯獸出事之前。我們一路往前救下他。
逃出實驗室，遇到久我博士，戰鬥
結束後，久我博士告訴我們，雖然沒了核心威力會下降不少，但是依舊可以啟動。我們回去找到希望蒙絲博士，告知她久我的行為，並向武爾坎努斯獸道歉，武爾坎努斯獸接受了道歉並同意幫助主角。
我們回反抗村莊去找希蒙絲博士，原來他們抓到了久我博士，我們瞭解到之前的月亮獸進化的狄安娜獸背叛了數碼寶貝，她給人類送去被改造的數碼寶貝。現在博士希望我們去調查狄安娜獸，看看能不能獲得情報。
我們乘坐飛艇前往宇宙區域。
我們來到大門處交流，得知阿波羅獸和狄安娜獸現在水火不容，原本作為調和者的密瓦涅獸被囚禁再未知的地方。我們告訴看門的數碼寶貝，狄安娜獸背叛了人類，他們認為這是謠言，認為我們是壞人。還好南瓜獸出來解圍，南瓜獸希望作為調停者來幫助大家所以打算幫助我們。
我們先去找阿波羅獸，上前和機器交互來到阿波羅的領域。
我們一直往前走，可以看到被火封起來的道路，南瓜獸提醒我們要去寒冷世界獲得寒冷種子就可以通過。
我們沿著左邊的路向前就可以回去，然後前往寒冷宇宙。
寒冷宇宙有冰塊可以用熾熱種子融化，道路就打開。
一直向前就能獲得冰凍種子，之後我們返回火焰宇宙。
滅掉之前擋路的火焰繼續向前
往前走，會有泥人獸衝下來，可以打，或者躲在邊邊避戰。
我們接著來到阿波羅獸面前，阿波羅獸不願意合好，戰鬥開始。
戰鬥結束，阿波羅獸確定了月亮獸的背叛，決定要親手消滅他，然後就跑去找月亮獸幹架了。
我們去追阿波羅獸，來到狄安娜獸面前。
戰鬥結束，阿波羅獸雖然贏了，但也敞開心扉，向狄安娜獸道歉，希望能夠明白事情的真相。原來狄安娜獸是被朱諾獸指派的，但是知曉數碼寶貝被人類做實驗後，狄安娜獸就去找了密瓦涅獸，但是密瓦涅獸卻一去不復返。
我們來到守護者神殿，這裡已經大變樣了。
我們找到朱諾獸開始質問她為什麼要怎麼做，交流發現原來一直跟著我們的南瓜獸才是導致兩獸決裂的關鍵人物。
南瓜獸也不裝了，讓朱諾獸襲擊眾人。
我們被南瓜獸關起來了，慶幸的是，之前被我們擊敗的泰坦獸來幫助我們，不過由於此前吸收了祕寶，現在變成了犄角獸。阿波羅獸認為可能姐姐也被抓到這裡了，所以想先找密涅瓦獸。
然後往前走，我們能找到密涅瓦獸，但是打不開門，需要去找終端裝置。
然後找到下圖裝置，不過必須解除其它裝置的鎖定才行。
我們先接觸紀州終端裝置的鎖定。接觸完後，來時的路會被封住。
視角往頭頂看，有一個裝置，用數碼攻擊摧毀即可打開被關上的門。
然後天使獸會一直追我們不用管他，戰鬥可以讓它留在原地，回頭走迷宮，看到路不通就打頭上的裝置。然後來到下一處迷宮，這裡解法相同，打頭上的裝置後來到三隻數碼寶貝這裡。
交互後，天使獸又出現了，不過三兄弟會為我們擋住。這時候回去啟動裝置。
下樓梯又能遇到天使獸，不過這裡是監獄區域，它沒有了神殿的庇護。所以主動出擊
戰鬥後我們可以將它關在牢裡，這樣就不會煩我們了。
接著找密涅瓦獸，解救出來後，眾人去面對朱諾獸。
這時候朱諾獸已經發狂，理智不清，並說我們就是守護者。
擊敗朱諾獸後，我們又遇到了那隻神祕的數碼寶貝，但是又消失了。
朱諾獸清醒過來，原來那隻數碼寶貝就是英雄王的怨念，它因朱諾獸的怨念入侵併控制了朱諾獸。朱諾獸告訴了我們時空獸的真正目的，原來被封印的時空獸現在想尋死，但是高等存在又不讓它死。所以搞了一個蛋，希望把自己給弄死。
離開劇場，我們找到朱諾獸。
朱諾獸告訴我們，原來我們是守護者，時空獸想讓我們取代它，然後自己好死。不過我們一頭霧水。之後我們和博士交流得知，我們並沒有阻止泰坦族的進攻，人類還是啟動了巨型兵器。同時我們得知，原來結成博士只是動畫角色，主角的身份現在撲朔迷離。
時空獸的怨念已經融入了巨型兵器當中，人類和數碼寶貝的大戰會導致封印大門的打開，這樣就能讓我們取代它了。
我們穿過朱諾獸創造的大門，來到次元空間。
接著我們遇到了巨大兵器，我們被擊飛，但是被數碼寶貝拯救。緊接著我們再一次收到了通訊員的來電。
通訊員告知我們的身世，我們是由上位者恆常性創造。世界被時空獸搞得亂七八糟，我們的使命就是恢復世界法則的穩定。上位者創造我們的時候使用了咩咩羊的一個碎片，我們只是咩咩羊穿越不同世界的其中一隻。上位者不喜歡親自幹預，希望世界自己進化，所以把我們做出來，讓不斷穿越的咩咩羊迴歸正軌。而此前的超自然調查局都是虛構的，只為讓主角感到合理。
然後我們遇到了本體咩咩羊，它也瞭解到真相，正是因為它胡亂穿越才導致世界停滯不前。最終我們願意和咩咩羊合二為一，變成朱彼特獸
現在集齊了12使徒，眾人彙集在一起，邁向未來。
我們來到人類世界，將巨型兵器拉到了星空中間開始對戰。
戰鬥途中，由於我們和時空獸具有相同的力量，產生了時空扭曲，我們和咩咩羊分來了。
我們在一處裂縫中聽到了消失已久的伊紀的聲音，兩人合力將她救了出來。
眾人醒來，發現這片空間已經被時間扭曲改變了原貌。眾人分析到，應該是我們強行救了伊紀導致法則被顛覆。
我們往前走去找時空獸，再次遇到了神祕數碼寶貝，它希望咩咩羊成功取代它，不過它的身體現在不受控制，可能會對我們發動進攻。
我們去找怪蛙獸對話
對話完後我們將遭遇一場戰鬥。
然後繼續向前走還會遭遇戰鬥（這裡如果做了皇家騎士的支線任務，皇家騎士可以過來幫忙）
向前，會發現道路被時空獸的翅膀擋住了，我們需要給數碼寶貝找吃的。
先找到紅色的果實，然後使用數碼攻擊擊落即可
然後需要找藍色的果實，不過這次需要經歷一場戰鬥。
最後再去找一個藍色果實。找到藍色果實時我們會遇到莉莉絲獸。
戰鬥結束回去找巴克科斯獸，它可以打通道路
然後我們來到海底，看到尼普頓獸和一隻數碼寶貝再戰鬥。
尼普頓獸讓我們先走，我們去找烏龜獸對話，然後使用數碼攻擊打破障礙。
再前面我們幫助金屬海龍獸，告知前方有激流，所以我們需要先找到潛艇獸。
再往前走我們會遇到沙悟淨獸和鯊魚獸，鯊魚獸是前來幫助我們的。
接著走到盡頭去幫助尼普頓獸，擊敗利維亞獸。
接著去下一個區域，可以遇到朱諾獸他們。
然我們去搶回電池，前面是一座隱形橋，這邊可以通過掃描看到路。
然後我們搶回電池將觸發cg
成功修好了橋樑，一隻數碼寶貝堵在了橋上。
戰鬥後，我們往前走可以遇到阿波羅獸三人。
這邊要保護阿波羅獸等人不受傷害。
兩波以後，我們會遭遇別西普獸，擊敗後眾人就能打開大門。
接著往前面走，視角往右看，看到右邊的門。
進去後我們會回到之前的家。
然後從房間出去，再從旁邊的門進去。
然後繼續向前，上樓梯回到家
我們會發現一直在空間中循環，然後重複循環。三四次循環後我們救能遇到什麼獸。
然後我們能遭遇貝爾菲獸
擊敗後我們就能到下一個場景。然後就能面對最終boss時空獸。
但是我們造成不了傷害，因為我們都屬於同一個時間法則，無法對彼此造成傷害。這時候世界樹出手，藉助其他數碼寶貝世界的力量打開了局面。
在12使徒的幫助下我們終於擊敗了時空獸。
但是管理者消失，時間法則開始失控，我們必須去頂替原本時空獸的位置。與伊紀完成了最後的諾言，因為時間無處不在，將永遠守護伊紀。
然後我們和咩咩羊分開，咩咩羊決定將我們獨立出去，並且在下一個世界，不讓數碼寶貝和人類世界的大門打開。咩咩羊希望我們可以代替它守護伊紀。
伊紀的家人成功復活
咩咩羊也成為奧林匹斯十二神
