寶可夢巢穴（日文︰ポケモンの巣，英文︰Pokémon Den）是進行極巨團體戰的地點。所有的寶可夢巢穴都位於伽勒爾地區的曠野地帶，一共有99個寶可夢巢穴。
機制
只有發射光柱的寶可夢巢穴才能夠進行極巨團體戰。寶可夢巢穴每天會隨機發射光柱。在某個巢穴進行極巨團體戰後，該巢穴就會變成空的巢穴。在玩家進行大量極巨團體戰後，便會使更多寶可夢巢穴發射光柱。寶可夢巢穴也可以透過使用許願星碎片或許願星塊來讓其發射光柱。
在遊戲內部資料中，99個寶可夢巢穴對應著93個寶可夢分組。這93個分組又分為42個普通組和51個稀有組。每個寶可夢巢穴分別對應著其中1個普通組和1個稀有組，故而每個寶可夢巢穴出現的寶可夢都是這兩個分組中的寶可夢。不同版本的分組包含的寶可夢有可能不同。
寶可夢巢穴分為多種狀態：空的、有少量能量流出、發射紅色光柱、發射紫色光柱。發射紅色光柱的寶可夢巢穴有機率散發金色光芒，紫色光柱的寶可夢巢穴必定散發金色光芒。發光的寶可夢巢穴出現的極巨化野生寶可夢都是稀有組的，更容易出現擁有隱藏特性、蛋招式、高個體值和超極巨化的寶可夢，同時在對戰結束後也更容易獲得更稀有的道具，並獲得大量瓦特。有少量能量流出的寶可夢巢穴不能進行極巨團體戰，但可以收集少量瓦特。在收集瓦特或進行團體戰之後，巢穴就會變回空的。
與此同時，曠野地帶還會在一些日期出現事件寶可夢巢穴。事件寶可夢巢穴出現的寶可夢不受寶可夢分組的影響。
