《隊長小翼：新秀崛起》裡提供了劇情，對戰，角色和隊伍編輯這幾個主要的遊戲模式。本文將對這些遊戲模式做簡單的介紹。
劇情模式
為了讓玩家體驗原作的故事和系統，在劇情模式裡準備了兩部內容。其一是TV動畫版所描述的國中篇EPISODE OF TSUBASA。其二是描述其後續發展的遊戲原創故事EPISODE OF NEW HERO。
EPISODE OF TSUBASA
在EPISODE OF TSUBASA模式中，玩家要操作足球強校“南葛國中”，在與眾多強敵之間的激戰中勝出，以達成全國大賽三連霸為目標。
故事由以對話短劇構成的冒險部分，以及體驗比賽過程的動作部分構成。在這個模式裡，只要滿足比賽中提示的特定條件，就能重現TV動畫版的劇情。此外作為動作遊戲特有的要素，比賽有時會因為玩家操作的差異，讓比數、過程以及結局跟塬作有所不同，請務必親手抓住屬於自己的“全國大賽三連霸”的夢想。
EPISODE OF NEW HERO
EPISODE OF NEW HERO模式又分為新主角和世界挑戰兩個篇章。
在NEW HERO篇中，玩家將作為主角在“富良野國中”、“武藏國中”或“東邦學園”之一就讀一年級。 在校園生活中與各校主力選手培養友情，並實現在選拔日本代表的大賽“NEW HERO LEAGUE”全勝並打倒“南葛”的目標。
在WORLD CHALLENGE篇中玩家將做為全日本青年隊的一員， 參加全新的世界大賽“世界青年挑戰賽”。大會中除了世少篇登場的選手外，也有其他新選手登場，玩家將迎接充滿未知的挑戰。你需要在與全日本青年隊的代表選手們及各國強敵間的交流、激烈的挑戰的過程中獲得成長，以成為世界第一的隊伍為目標前進。
對戰模式
在對戰模式中，玩家可以選擇自己喜歡的隊伍，進行單機最多4人的對戰。對戰的型別有三種。單場比賽，PK賽（點球大戰）和冠軍賽。
單場比賽是標準的單場競技模式。
PK賽中，玩家選定踢球的球員和順序後，將由前5輪進球多的一方獲勝。
在冠軍賽中，玩家可以設定比賽的形式，包括賽制（迴圈賽/淘汰賽），隊伍數量（4-16），電腦等級，半場時間，然後展開整場賽事。
終極編輯
在這個模式中，玩家可以對自訂角色和自訂隊伍做各種各樣的編輯。透過遊戲內獲得的PP點數，還可以獲得各種道具。
在角色編輯中，玩家可以編輯自訂角色的名字、外表、行動等。部分既有角色也可以進行編輯。
在隊伍編輯中，玩家既可以編成完全屬於自己的隊伍，包括選手、隊名、隊徽、制服、背號等。自訂隊伍可以在本地對戰和網路對戰中使用。玩家也可以對既有隊伍進行調整。
