近日，有外媒發現，《孤島危機：重製版》是根據PS3/Xbox 360版進行重製的，而不是2007年的PC原版，這使該遊戲與PC原版相比，在特效和控制操作方面都有縮水。
在特效方面，同樣是手雷爆炸，PC原版會影響草叢，但在該版本中草叢是靜止狀態的。而且，就草叢的晃動效果而言，幅度不如PC原版大，相比較為“安靜”。另外，Crytek和Saber還修改了視差遮擋貼圖效果。
在控制操作方面，原版遊戲中，玩家只需要按空格鍵就能立刻進行能量跳躍，而在該版本中，玩家則必須一直按著空格鍵才能進行能量跳躍。不僅如此，重製版本在進行常規跳躍時也有大概半秒鐘的延遲問題。
