故事開啟之前的劇情，最早可以追溯到遠古時期，隨後數千年的時間裡，各種事件陸陸續續發生，影響著這個世界。八方旅人的故事也逐漸展開了……
【遠古時期】
世界有十三神，其中8個神對應的是遊戲中八個起始職業，有四個神對應的是隱藏職業，最後一個神是黑暗之神加爾德拉。
【數千年前】
十二神（除黑暗神外）將“被視為禁忌的”生與死的力量（也被稱作“黃金的果實”）封印了起來，並建造了菲尼斯之門，以防這種力量外洩。而開啟菲尼斯之門的唯一手段，就是利用龍之石的力量。在西北方村落（獵人的故鄉）的遠古遺蹟內，留下了相關記載的壁畫。而記錄這件事的《邊獄之書》原典則是外流出去，若干年後成為了東方某國貴族學院的藏書。
【200年前】
大魔法師奧爾金·克羅斯福德聯手霍倫布林格國王貝奧武夫，利用四塊龍之石的力量把黑暗之神加爾德拉封印在了菲尼斯之門內，並用聖火加固封印。
封印成功後，霍倫布林格王將龍石託付給了最信任的騎士初代雷瓦斯，讓他前往遙遠的西方代代守護；隨後，他創立了聖火教會，每20年發起一次傳火巡禮，用於加固聖火的封印（聖火會每隔20年會衰弱，所以需要傳火來讓它重新變強）。
【100年前】
聖火教會有一箇中二教徒馬蒂亞斯，在目睹一個村莊被雷擊引燃的大火毀滅後，想透過祈禱引發奇蹟，然而祈禱一個月之後，什麼都沒有發生，就信仰崩潰叛離了聖火教會，潛伏了起來。
【約50年前】
有一個自稱黑暗神女兒的名為莉普拉庫的魔女，開始到處活動，她手持記載了禁忌力量使用方法的《邊獄之書》，誘騙當時正被通緝中的“中二叛徒前聖火騎士”馬蒂亞斯，使用書上的黑咒術，利用菲尼斯之門外流出的黑火，獲得了所謂的“永生”。
【35年前】
（戰士線主角）歐貝裡克誕生。
【30年前】
（學者線主角）塞拉斯誕生。
【26年前】
（獵人線主角）漢伊特誕生。
【23年前】
（舞娘線主角）普麗姆蘿絲誕生。
【22年前】
（盜賊線主角）提里昂誕生。
【21年前】
（藥師線主角）阿芬誕生。
【20年多前】
霍倫布林格王國傭兵維爾納被莉普拉庫委託：毀滅霍倫布林格王國。由於他提供了大量的金錢和人脈作為籌碼，維爾納毫不猶豫的接受了委託。他先收買了大量傭兵結成傭兵團，然後開始收集霍倫布林格王國的情報，逐步排除障礙。
【20年前】
（神官線主角）奧菲利亞誕生。
【18年前】
（商人線主角）特蕾紗誕生。
【17年前】
維爾納以自導自演的方式操縱自己收買的傭兵團“打敗”同樣由他收買來進攻王國邊境的“山賊團”，藉此獲得了戰功，並以此贏得了國王的信任。之後，“撿到”了邊境被襲擊的某山村倖存者埃爾哈特。
之後，利用金錢作為支援，維爾納開始逐步腐化霍倫布林格王國的重臣，漸漸讓霍倫布林格國王失去民心，降低國家軍隊的戰鬥力，以及樹立自己的權威，一步步向上爬。
同一時間段裡，馬蒂亞斯更名改性，重新潛入聖火教會，利用金錢和人脈關係，他獲得了尤瑟夫主教的賞識，佔據了教會的一席之地。而為了腐化教會，他和中二貴族席緬（舞者線最終BOSS）一起組建了一個集暗殺、籌錢和腐化於一體的組織：黑曜會。
【約15年前】
霍倫布林格王國邊境的戰亂也導致了奧菲利亞的家鄉被毀，孤苦伶仃的她被聖火教會的尤瑟夫大主教領養，作為聖女莉雅娜的玩伴，一同學習和生活。
【15年前】
貴族學院的學者伊文得知了《邊獄之書》原典的訊息：就在學院的特別書庫裡，然而當時這個書庫中的書只有校長才能翻閱。後來，他的學生露西亞為他帶來了一個可以幫助他的女人——莉普拉庫。
莉普拉庫謊稱《邊獄之書》是傳說時代賢者所寫的書，裡面擁有著能讓人超脫生與死的力量。而她來的目的，就是為了讓伊文來解讀這本書的知識，而不是“沒有能力”的校長。至於方式，就是透過（黑曜會）暗殺掉校長，讓他坐上校長的位置。
他們的計劃成功了：前校長“失蹤”；伊文順利坐上了校長的位置；也獲得了《邊獄之書》原典（對外聲稱失竊）；而露西亞則作為他助手，一邊幫莉普拉庫傳遞訊息，一邊幫助伊文進行解讀。
為了能讓伊文更快解讀《邊獄之書》，露西亞經常給伊文提供大量稀有的參考書籍（從莉普拉庫那裡獲得）。
【約十幾年前】
青年學者塞拉斯成為貴族學院的老師。
【10年前】
傑佛裡·埃塞爾特死於黑曜會三個有烏鴉紋身者的暗殺。原因是由於傑佛裡領主並不與黑曜會同流合汙，並且調查出了黑曜會的最終目的是菲尼斯之門的事，因此，黑曜會必須殺他滅口。而暗殺當晚，傑佛裡的女兒普麗姆蘿絲躲在書櫃後面，偷看到了暗殺的全過程。三人離開後，普麗姆蘿絲帶著父親的短劍，偷偷跟蹤兇手，也離開了故鄉。
同年，和塞拉斯結下深厚友誼的學院女學者奧德特遭人誣陷，被趕出了學院。
同一時期，已經身處霍倫布林格王國高位的維爾納，把埃爾哈特推薦給了霍倫布林格國王作為近衛騎士。實際上，埃爾哈特是維爾納埋下的間諜，為了在關鍵時刻發揮作用。而埃爾哈特把曾經邊境山村毀滅的這件事都歸責給了國王，原因是直到村莊毀滅，都沒有得到王國的支援。然而他並不知道，村莊的毀滅實際上是維爾納一手造成的。
【8年前】
維爾納在身處高位之後故技重施，僱傭了大量山賊向霍倫布林格王國進攻，在關鍵的一戰中，埃爾哈特當著回來報告戰況的將軍歐貝裡克的面，殺死了霍倫布林格國王，直接導致了王國軍的戰敗，並進而使得霍倫布林格王國毀滅。由此，菲尼斯之門再無人守護。
【霍倫布林格王國毀滅後】
旅行藥師格拉姆·克羅斯福德為了治療身患重病的妻子，環遊世界尋找藥物。在尋找最為關鍵的一種素材時（一種生存在海外森林中的鳥的羽毛），遇到了商人船長萊昂·巴斯特雷爾，作為上船的代價，他留下了周遊世界時所寫下的旅行筆記。
然而，就在特效藥完成前的幾天，格拉姆的妻子卻死去了。雖然最終完成了特效藥，但卻已經毫無用處。在妻子葬禮之後，莉普拉庫突然來找他，告訴他她可以讓他再次見到妻子。只要前往菲尼斯之門，他就可以和他的妻子再相會。
於是，格拉姆再次朝向東南方旅行。在途徑某個山村時，他遇到了一個患上和他妻子完全相同病症的孩子阿芬，出於對妻子的思念，格拉姆把之前做好的特效藥給了這個孩子使用，讓他保住了性命。少年阿芬由此立下了成為藥師的夢想。
之後，格拉姆再次出發，終於趕到了菲尼斯之門。莉普拉庫說能讓他的妻子復活，讓他站在魔法陣中，進行了一個魔法儀式。而實際上，這個儀式並不能讓他的妻子復活，而是要把格拉姆變成黑暗神降臨的肉身載體。
作為封印黑暗之神加爾德拉的大魔法師奧爾金·克羅斯福德的後代，格拉姆也擁有著封印者的血脈。如果他逃了，莉普拉庫就會去找他的兒子克里斯·克羅斯福德來完成這個儀式。依靠著僅存的一絲意識，已經基本變成怪物的格拉姆釋放出最後一擊，打傷了莉普拉庫，同時也打斷了儀式，儘管格拉姆想斷絕禍根，追上並殺死莉普拉庫，但逐漸丟失的意識卻讓他最終卻沒能完成這件事，只能遵從於本能的從菲尼斯之門逃了出去。
逃離菲尼斯之門後，格拉姆在各地流浪，漸漸別黑暗的力量所同化，最終失去了人性，變成了一個雙目赤紅並且能讓生命變成石頭的怪物。
【幾年前】
青年盜賊提里昂遭到了搭檔達留斯的背叛，被踢下了山崖，但大難不死，開始在世界中旅行。
【一年前】
獵人漢伊特的師傅接受了騎士伊莉莎的狩獵委託（目標是一隻代號為“赤目”的怪物）後失蹤。
同一時期，經過十餘年的研究，伊文已經解開了《邊獄之書》的部分內容，發現這是關於生與死的力量。助手露西亞利用研究成果，開始策動手下到邊遠地區，嘗試以大量人的血為素材，來製作據說可以使人超脫生死的結晶——血晶石。
伊文校長是一個喜歡獨佔知識的學者，在他研究期間偷偷把大量與此有關的珍貴文獻悄悄偷出特別書庫，就是怕知識的外洩。而其他特別書庫的書，他也不願意把那些知識傳出學院以外。這一點上，他和學者塞拉斯在立場上是完全對立的。
【如今】
八方旅人的故事由此開始。
