1、波克比的出現是作為小霞遮擋腹部用，以應對歐美國家的動畫審查。萬萬想不到波克比竟然是因為這個原因才成為小霞的神奇寶貝....
2、在動畫無印篇，製作組曾因為考慮到海外觀眾可能會對小剛東洋人的形象有意見，所以在橘子聯盟篇安排小剛離開小智一行人，但意外的是小剛的人氣反而很高，於是相反他成為了所有跟隨小智的同伴中持續時間最長的一位。
3、第一世代的火焰鳥曾被許多玩家詬病，三神鳥在51級皆有新招式可以學習，急凍鳥可學會暴風雪，閃電鳥可學會打雷，但是火焰鳥卻是學會瞪眼而不是威力相同的大字爆。
後來招數內部程式碼經過解碼，才發現到可能初始的程式設計師打錯一個位數，把噴射火焰變成了瞪眼
4、大蔥鴨是第一個被形容為能夠成為人類食物的神奇寶貝，但是由於倫理原因所以之後這一設定鮮少被提及。
5、由於第一世代的神奇寶貝主系列遊戲沒有女性主角，所以與GAME BOY本身的名稱被女性玩家群體認為是歧視女性玩家，引起了很大的不滿，為了緩和這種氣氛，在動畫版初期選定主角神奇寶貝時則側重於選擇比較可愛的神奇寶貝，於是製作團隊便選擇了皮卡丘。
6、原本火箭隊三人組設計出來是為了代表第一世代遊戲內初期出現的火箭隊隊員，但是一直以來的高人氣導致火箭隊三人組一直沒有撤下。
也就是說火箭三人組其實是代表第一世代的反派隊員而出場。然後第二世代，第三世代都會有別的反派隊員來替代。所幸因為他們的搞笑，人氣大大提高。坦白說，神奇寶貝動畫沒有火箭隊的話，已經不是用失色不少來形容，可能還會讓我失去看神奇寶貝的興趣。
7、雷丘在第一世代的圖鑑介紹中提到了“印度象”來表明其電擊猛烈程度，這種提到現實中動物的情況在遊戲圖鑑中非常少見。
我們無論在遊戲，動畫等，現實動物往往幾乎都是不存在的。除了魚，蟲(拿來釣魚)除外。不過在第一代，可能沒什麼概念，或者沒有仔細瞭解，才提到“印度象”
8、夢幻作為註冊商標的歷史比整個神奇寶貝遊戲的歷史還早
夢幻雖然比整個神奇寶貝遊戲歷史還早(第一個被創造出來的神奇寶貝是鐵甲暴龍)，不過可能一直都被當作廢案來處理，甚至還乾脆被後來的超夢來替代。不過所幸，森本茂樹很不客氣地把利用debug後剩餘的ROM空間，夢幻被秘密強行加入遊戲中作為測試神奇寶貝。所以，正常流程中是無法見到夢幻的，只有部分發生了錯誤的遊戲片能夠偶然遇到夢幻的圖鑑。
由於夢幻的神秘性，那個時候的玩家都以為夢幻是一個遊戲彩蛋，一度成為話題，也帶動了神奇寶貝紅綠版低迷的銷量，為此任天堂組織大量贈送夢幻的活動，由此開始了舉辦活動並贈送傳說中的神奇寶貝的濫觴，而且因此開始幾乎每部作品中都存在除活動贈送外無法捕捉的夢幻之神奇寶貝。
這可以說是神奇寶貝的最為人知的黑歷史，不過因為夢幻的存在帶動了那個時候神奇寶貝的銷量，因此才那麼著名。甚至還是夢幻帶動贈送神奇寶貝活動的先例～
9、3D龍事件
這個我更加相信每個人都知道過。1997年2月16日播送的神奇寶貝無印篇電腦戰士3D龍因為為了配合主要的“電腦世界”場景，爆炸的閃光都以紅→藍→紅→藍代替，後又為了達到震撼效果，使用的閃爍技術的頻率也比以往的高，加上審查關員都是成年人，覺得沒問題。怎麼知道一時疏忽導致日本685名小朋友都陷入昏迷。
可能為了害怕被人回想不堪的回憶，過去還是黑歷史。官方採取了不少行動，例如把原本3D龍的分類“CG神奇寶貝”改成“假象神奇寶貝”。還有3D龍還有他的進化也從沒有在動畫出現過。難道是為了怕引起當年的受害者或者家長的抗議以及反感?不過我覺得3D龍很可憐就是，可憐之處在於它根本沒錯，但竟然因為當年他們的疏忽，竟然封殺(動畫)了那麼多年
10、鯉魚王=大凶殘?
眾所皆知，大凶殘這稱號不是指和他的模樣非常貼切的暴鯉龍，相反而是其為進化型的鯉魚王。為何會有這樣的稱號，在於曾經有人用1只鯉魚王Ko小智。還有在某一屆有人用6只大凶殘來鄙視對手。還有你可以在一些對話得知，鯉魚王在遠古時期，，因為未知原因發生變異(輻射?)，而開始變得非常弱，弱得要15級才可以學到撞擊
11、神奇寶貝動畫最最早計劃是隻播出一年半(18個月)，後來因為動畫持續的高人氣而決定一直製作下去。
原來當初神奇寶貝動畫一開始的計劃只是1年半，短期製作。同樣因為高人氣的原因，動畫製作長達整18年，到現在。難道那個時候神奇寶貝沒想過會出第二，第三甚至更後面的世代0 0?
還有 ，神奇寶貝動畫為了讓劇集能夠貫穿遊戲版本的生命週期，常會在主線的道館戰劇情之間填充大量其它劇情，導致小智一行人旅行時經常出現幾十集都走不到下一個城市的現象，如切鋒市到濱海市間隔了52集。
12、大木博士(好吧，這個不是黑歷史XD)
不知道有人發覺麼，大木博士在年輕的時候可能是一名強勁的訓練家，後來轉去做研究院，才逐漸弱下來了(失去爭鬥心)。最早的紀錄，在於四天王菊子的對話，可以很清楚得知大木博士以前很風光。或者神奇寶貝特別篇的回憶更加知道大木博士以前還是個冠軍。
還有電影版-雪拉比 穿梭時空的相遇的雪成，可以得知大木博士的名字，還有初始神奇寶貝是火恐龍。也解釋了為什麼大木博士會給與小智皮卡秋作為初始訓練家的神奇寶貝的原因。但是，當我得知大木博士是雪成的時候，自然會聯想了不少東西。
大木博士在年輕的時候，認識了小智
也就是說，他很清楚小智的存在。當他年老之後見到小智，不會大驚一跳?但是他依然那麼淡定，而且都是同為真新鎮的居民。怎麼想都有古怪地說...
13、白銀山的小智
好吧，源自都市傳說。由於第二代的小智，從頭到尾都不說話，再加上一打敗他，他就會消失，因此引發了好多網友的各種猜想。不過後來，官方為了破除這個謠言，在心金魂銀版中小茂會告訴玩家他有和小智聯絡。但無論如何，依然還沒和大家正面回應為什麼二代小智不說話，這個都市傳說都傳了蠻久，但官方一直不予置評，究竟裡面是否有我們不為人知的原因那就不知道了
14、耿鬼
都市傳說其中一個非常有名的。耿鬼原型是中橋高洋，原因在枯葉港上對卡車使用秘傳技學習器，畫面會出現「GENGAA HA NAKAHASHIKOYO」的字樣，轉成日文就是「けんがあ は なかはしこうよう」。用「原畫是中橋高洋」或是「耿鬼是中橋高洋」，但後來在結尾沒發現到中橋高洋的名字，因此又造成了一個“傳說”。
其實耿鬼Gengar的名字原文根據推測應該是來自於德語的Doppelgänger的變異，據說德國人有看到自己的分身就會死掉的傳聞。而耿鬼正是影子神奇寶貝，所以這個什麼都市傳說很自然的不攻自破
15。錯誤的進化路線
以前我還真相信的==。由於巴大蝴的形象很像毛球，因此很多人就傳出，巴大蝴才是毛球的進化型。只不過遊戲推出時才發現程式設計失誤導致雙方的進化型交換，後來乾脆將錯就錯了。在後來，還加了點恐怖的因素和詛咒的因素。
不過，後來經過解析ROM發現，巴大蝴家族的內部編號(內部編號代表神奇寶貝新增進遊戲的先後順序，例如鐵甲暴龍就是第一個創造的001)是連在一起的，證明設計師在一開始便將其放在了一起。而毛球和末入蛾的編號雖然不連貫，但是都在巴大蝴家族的前面。因此這個說法便被打破了。
